juancresc/mirna

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Lo primero es correr shorstack para buscar sRNA locis

nohup ./ShortStack/ShortStack --readfile /media/crescentejuan/Data/MRCV/21dpiR1C.trimmed.fq.gz /media/crescentejuan/Data/MRCV/21dpiR1T.trimmed.fq.gz /media/crescentejuan/Data/MRCV/21dpiR3C.trimmed.fq.gz /media/crescentejuan/Data/MRCV/21dpiR3T.trimmed.fq.gz --genomefile /media/crescentejuan/Data/TGAC/Triticum_aestivum.TGACv1.dna.toplevel.fa --outdir 21dpi_tgac &

Esto nos da 39.108 loci en total, y 28.844 los cuales DicerCall es distinto de 'N' (aquellos probablemente relacionados con RNAi). Vamos a usar esos 28k para los subsiguientes análisis.

De esos 28k, 139 son marcados por shortstack como miRNA=Y, o sea con suficiente evidencia para una anotación de-novo de miRNA.

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De donde salen los sRNA loci? Cruzamos la anotación de esos 28k loci con genes y transposones. Se mapearon transposones al genoma de trigo de la base de datos Repbase, TREP y MITEs (estos últimos los buscamos con un programa nuestro) y se usan genes / regiones promotoras (2500 downstream de los genes).

Repbase 87 TREP 155 MITEs 2690 Genes 4853 Promotores 9394

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Se arma una tabla con los read counts de esos 28k de la forma:

locus_name, counts_21dpiR1C, counts_21dpiR1T, counts_21dpiR3C, counts_21dpiR3T

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Se corre DESeq2 con esos 28k counts. Eso nos da 43 locis DE. De esos 43, 37 tienen log2FoldChange positivo y 6 negativos. La mayoria están sobreexpresados.

De los 43 loci DE, hay 3 que son miRNA=Y según shorstack:

Cluster_12900 Cluster_14161 Cluster_36675

TODO de aca en adelante

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De donde salen esos 43 locis DE? Se corre el mismo script que en 2) y se obtiene

Repbase 0 TREP 0 MITEs 1 Genes 12 Promotores 7

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Genes DE cercanos a clusters de sRNA DE. Se toman los clusters DE y se cruzan con los genes DE cercanos (1500 pb). Además vemos si estan up/down stream de los mismos. Nos da lo siguiente:

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Targets: Buscamos de los clusters DE, los genes DE que pueden ser targets.

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Anotación: