Comments (15)
Hi @bbakernoaa,
Could you please run "conda env list" and reply with the output?
from pynio.
@khallock sorry I didn't get back to you. I ended up getting it working but unfortunately it broke again.
This is the current error I'm getting after a fresh install:
python
Python 2.7.13 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Dec 20 2016, 23:09:15)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
>>> import Nio
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/data/aqf/barryb/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PyNIO/Nio.py", line 83, in <module>
from nio import *
ImportError: libjpeg.so.8: cannot open shared object file: No such file or directory```
Seeing this I tried to install libjpeg8 using conda.
conda install jpeg=8
The error message then becomes:
python
Python 2.7.13 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Dec 20 2016, 23:09:15)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
import Nio
Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in
File "/data/aqf/barryb/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PyNIO/Nio.py", line 83, in
from nio import *
ImportError: libmfhdf.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
from pynio.
Just tried this. With a fresh install and adding the conda-forge channel first:
conda config --add channels conda-forge
conda install pynio pyresample netcdf4
Fetching package metadata ...........
Solving package specifications: .
Package plan for installation in environment /data/aqf/barryb/anaconda2:
The following NEW packages will be INSTALLED:
basemap: 1.0.8.dev0-np111py27_3 conda-forge
freexl: 1.0.2-1 conda-forge
g2clib: 1.6.0-2 conda-forge
gdal: 2.1.3-np111py27_0 conda-forge
geos: 3.5.1-1 conda-forge
giflib: 5.1.4-0 conda-forge
hdf4: 4.2.12-0 conda-forge
hdfeos2: 2.19.1-7 conda-forge
hdfeos5: 5.1.15-6 conda-forge
jasper: 1.900.1-4 conda-forge
json-c: 0.12-0 conda-forge
kealib: 1.4.6-3 conda-forge
libdap4: 3.18.3-2 conda-forge
libnetcdf: 4.4.1.1-2 conda-forge
libpq: 9.5.4-3 conda-forge
libspatialite: 4.3.0a-14 conda-forge
netcdf4: 1.2.7-np111py27_0 conda-forge
openjpeg: 2.1.2-2 conda-forge
proj4: 4.9.3-2 conda-forge
pykdtree: 1.2.1-np111py27_0 conda-forge
pynio: 1.5.0_beta20160623-np111py27_14 conda-forge
pyproj: 1.9.5.1-py27_0 conda-forge
pyresample: 1.3.0-np111py27_0 conda-forge
pyshp: 1.2.10-py27_0 conda-forge
util-linux: 2.21-0
xerces-c: 3.1.4-0
The following packages will be SUPERCEDED by a higher-priority channel:
conda: 4.3.8-py27_0 --> 4.2.13-py27_0 conda-forge
conda-env: 2.6.0-0 --> 2.6.0-0 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
conda-env-2.6. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 674.40 kB/s
geos-3.5.1-1.t 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.18 MB/s
giflib-5.1.4-0 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 22.99 MB/s
json-c-0.12-0. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 22.01 MB/s
proj4-4.9.3-2. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.55 MB/s
util-linux-2.2 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 8.04 MB/s
xerces-c-3.1.4 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.34 MB/s
freexl-1.0.2-1 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 15.25 MB/s
hdf4-4.2.12-0. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 22.00 MB/s
jasper-1.900.1 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 24.64 MB/s
libpq-9.5.4-3. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 21.77 MB/s
g2clib-1.6.0-2 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 16.27 MB/s
hdfeos2-2.19.1 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 24.43 MB/s
hdfeos5-5.1.15 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 25.68 MB/s
kealib-1.4.6-3 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 23.25 MB/s
libdap4-3.18.3 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.70 MB/s
libnetcdf-4.4. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.38 MB/s
libspatialite- 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.10 MB/s
openjpeg-2.1.2 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 15.33 MB/s
pyshp-1.2.10-p 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 13.67 MB/s
conda-4.2.13-p 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 20.30 MB/s
gdal-2.1.3-np1 100% [###############################################################| Time: 0:00:03 26.55 MB/s
netcdf4-1.2.7- 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 19.25 MB/s
pykdtree-1.2.1 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 23.70 MB/s
pyproj-1.9.5.1 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.54 MB/s
pynio-1.5.0_be 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 25.43 MB/s
basemap-1.0.8. 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 26.52 MB/s
pyresample-1.3 100% [###############################################################| Time: 0:00:00 25.99 MB/s
[barryb@aitken ~]$ python
Python 2.7.13 |Anaconda 4.3.0 (64-bit)| (default, Dec 20 2016, 23:09:15)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
>>> import Nio
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/data/aqf/barryb/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PyNIO/Nio.py", line 83, in <module>
from nio import *
ImportError: /data/aqf/barryb/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PyNIO/../../../libgdal.so.20: ELF file OS ABI invalid
from pynio.
Hi @bbakernoaa,
In the Traceback output above it appears that you have Anaconda (which includes many conda packages in the root conda environment by default) and that PyNIO is installed in the root conda environment. I suspect there may be some compatibility issue between certain packages on conda-forge and other packages from Anaconda. Would it be possible to use a conda environment for PyNIO?
conda create --name pynio_env --channel conda-forge pynio pyresample netcdf4
source activate pynio_env
from pynio.
I just tried it. Got the same error with the conda-forge and libgdal.so.20 👍
conda create --name pynio_env --channel conda-forge pynio pyresample netcdf4
Fetching package metadata .............
Solving package specifications: .
Package plan for installation in environment /data/aqf/barryb/anaconda2/envs/pynio_env:
The following NEW packages will be INSTALLED:
backports_abc: 0.5-py27_0 conda-forge
basemap: 1.0.8.dev0-np112py27_3 conda-forge
ca-certificates: 2017.1.23-0 conda-forge
cairo: 1.14.6-4 conda-forge
certifi: 2017.1.23-py27_0 conda-forge
configobj: 5.0.6-py27_0
curl: 7.52.1-0 conda-forge
cycler: 0.10.0-py27_0 conda-forge
expat: 2.1.0-2 conda-forge
fontconfig: 2.12.1-4 conda-forge
freetype: 2.7-1 conda-forge
freexl: 1.0.2-1 conda-forge
functools32: 3.2.3.2-py27_1 conda-forge
g2clib: 1.6.0-2 conda-forge
gdal: 2.1.3-np112py27_1 conda-forge
geos: 3.5.1-1 conda-forge
gettext: 0.19.7-1 conda-forge
giflib: 5.1.4-0 conda-forge
glib: 2.51.4-0 conda-forge
graphite2: 1.3.9-0 conda-forge
harfbuzz: 1.4.3-0 conda-forge
hdf4: 4.2.12-0 conda-forge
hdf5: 1.8.17-9 conda-forge
hdfeos2: 2.19.1-7 conda-forge
hdfeos5: 5.1.15-6 conda-forge
icu: 58.1-1 conda-forge
jasper: 1.900.1-4 conda-forge
jpeg: 9b-0 conda-forge
json-c: 0.12-0 conda-forge
kealib: 1.4.6-3 conda-forge
libdap4: 3.18.3-2 conda-forge
libffi: 3.2.1-3 conda-forge
libgcc: 5.2.0-0
libgfortran: 3.0.0-1
libiconv: 1.14-4 conda-forge
libnetcdf: 4.4.1.1-2 conda-forge
libpng: 1.6.28-0 conda-forge
libpq: 9.5.4-3 conda-forge
libspatialite: 4.3.0a-14 conda-forge
libtiff: 4.0.6-7 conda-forge
libxml2: 2.9.4-4 conda-forge
matplotlib: 2.0.0-np112py27_2 conda-forge
mkl: 2017.0.1-0
ncurses: 5.9-10 conda-forge
netcdf4: 1.2.7-np112py27_0 conda-forge
numexpr: 2.6.2-np112py27_0 conda-forge
numpy: 1.12.0-py27_0
olefile: 0.44-py27_0 conda-forge
openjpeg: 2.1.2-2 conda-forge
openssl: 1.0.2h-3 conda-forge
pango: 1.40.4-0 conda-forge
pcre: 8.39-0 conda-forge
pillow: 4.0.0-py27_2 conda-forge
pip: 9.0.1-py27_0 conda-forge
pixman: 0.34.0-0 conda-forge
proj4: 4.9.3-2 conda-forge
pykdtree: 1.2.1-np112py27_0 conda-forge
pynio: 1.5.0_beta20160623-np112py27_14 conda-forge
pyparsing: 2.1.10-py27_0 conda-forge
pyproj: 1.9.5.1-py27_0 conda-forge
pyqt: 4.11.4-py27_2 conda-forge
pyresample: 1.3.0-np112py27_0 conda-forge
pyshp: 1.2.10-py27_0 conda-forge
python: 2.7.12-2 conda-forge
python-dateutil: 2.6.0-py27_0 conda-forge
pytz: 2016.10-py27_0 conda-forge
qt: 4.8.7-7 conda-forge
readline: 6.2-0 conda-forge
scipy: 0.18.1-np112py27_1
setuptools: 33.1.0-py27_0 conda-forge
singledispatch: 3.4.0.3-py27_0 conda-forge
sip: 4.18-py27_1 conda-forge
six: 1.10.0-py27_1 conda-forge
sqlite: 3.13.0-1 conda-forge
ssl_match_hostname: 3.5.0.1-py27_1 conda-forge
subprocess32: 3.2.7-py27_0 conda-forge
tk: 8.5.19-1 conda-forge
tornado: 4.4.2-py27_0 conda-forge
util-linux: 2.21-0
wheel: 0.29.0-py27_0 conda-forge
xerces-c: 3.1.4-3 conda-forge
xz: 5.2.2-0 conda-forge
zlib: 1.2.11-0 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
ca-certificate 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.91 MB/s
expat-2.1.0-2. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.06 MB/s
geos-3.5.1-1.t 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:04 4.15 MB/s
gettext-0.19.7 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.70 MB/s
giflib-5.1.4-0 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.07 MB/s
graphite2-1.3. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 426.54 kB/s
icu-58.1-1.tar 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:06 3.86 MB/s
jpeg-9b-0.tar. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.49 MB/s
json-c-0.12-0. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.21 MB/s
libffi-3.2.1-3 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.14 MB/s
libgcc-5.2.0-0 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.14 MB/s
libgfortran-3. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.12 MB/s
libiconv-1.14- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.39 MB/s
mkl-2017.0.1-0 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:41 3.20 MB/s
ncurses-5.9-10 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.89 MB/s
pcre-8.39-0.ta 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.05 MB/s
pixman-0.34.0- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.22 MB/s
proj4-4.9.3-2. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.22 MB/s
sqlite-3.13.0- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:01 2.79 MB/s
tk-8.5.19-1.ta 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.98 MB/s
util-linux-2.2 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.86 MB/s
xz-5.2.2-0.tar 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.26 MB/s
zlib-1.2.11-0. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 816.08 kB/s
freexl-1.0.2-1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.25 MB/s
glib-2.51.4-0. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.45 MB/s
hdf4-4.2.12-0. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 10.42 MB/s
hdf5-1.8.17-9. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.43 MB/s
jasper-1.900.1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.08 MB/s
libpng-1.6.28- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.49 MB/s
libtiff-4.0.6- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.07 MB/s
libxml2-2.9.4- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:01 2.87 MB/s
openssl-1.0.2h 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.71 MB/s
readline-6.2-0 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.00 MB/s
xerces-c-3.1.4 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.18 MB/s
curl-7.52.1-0. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.16 MB/s
freetype-2.7-1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.98 MB/s
g2clib-1.6.0-2 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 467.29 kB/s
hdfeos2-2.19.1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 401.34 kB/s
hdfeos5-5.1.15 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.09 MB/s
kealib-1.4.6-3 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.86 MB/s
libpq-9.5.4-3. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.18 MB/s
libspatialite- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:01 4.18 MB/s
openjpeg-2.1.2 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.15 MB/s
python-2.7.12- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:03 3.79 MB/s
backports_abc- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.95 MB/s
certifi-2017.1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.73 MB/s
fontconfig-2.1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.96 MB/s
functools32-3. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.61 MB/s
libdap4-3.18.3 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:03 4.23 MB/s
libnetcdf-4.4. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.94 MB/s
numpy-1.12.0-p 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:01 3.67 MB/s
olefile-0.44-p 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.30 MB/s
pyparsing-2.1. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.26 MB/s
pyshp-1.2.10-p 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 13.50 MB/s
pytz-2016.10-p 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.52 MB/s
sip-4.18-py27_ 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.55 MB/s
six-1.10.0-py2 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.49 MB/s
ssl_match_host 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 731.03 kB/s
subprocess32-3 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.46 MB/s
cairo-1.14.6-4 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.26 MB/s
configobj-5.0. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.59 MB/s
cycler-0.10.0- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.69 MB/s
gdal-2.1.3-np1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:13 6.25 MB/s
numexpr-2.6.2- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.68 MB/s
pillow-4.0.0-p 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.45 MB/s
pykdtree-1.2.1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.09 MB/s
pyproj-1.9.5.1 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.32 MB/s
python-dateuti 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 20.43 MB/s
scipy-0.18.1-n 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:04 7.51 MB/s
setuptools-33. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.61 MB/s
singledispatch 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.30 MB/s
harfbuzz-1.4.3 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 15.47 MB/s
netcdf4-1.2.7- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 16.76 MB/s
pynio-1.5.0_be 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 13.15 MB/s
tornado-4.4.2- 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 13.10 MB/s
wheel-0.29.0-p 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 19.26 MB/s
pango-1.40.4-0 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 14.17 MB/s
pip-9.0.1-py27 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 13.22 MB/s
qt-4.8.7-7.tar 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:01 18.59 MB/s
pyqt-4.11.4-py 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 24.75 MB/s
matplotlib-2.0 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 24.17 MB/s
basemap-1.0.8. 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 25.05 MB/s
pyresample-1.3 100% |###############################################################################################################################################| Time: 0:00:00 25.59 MB/s
#
# To activate this environment, use:
# > source activate pynio_env
#
# To deactivate this environment, use:
# > source deactivate pynio_env
#
[barryb@aitken ~]$ source activate pynio_env
(pynio_env) [barryb@aitken ~]$ python
Python 2.7.12 | packaged by conda-forge | (default, Feb 9 2017, 14:36:30)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Nio
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/data/aqf/barryb/anaconda2/envs/pynio_env/lib/python2.7/site-packages/PyNIO/Nio.py", line 83, in <module>
from nio import *
ImportError: /data/aqf/barryb/anaconda2/envs/pynio_env/lib/python2.7/site-packages/PyNIO/../../../libgdal.so.20: ELF file OS ABI invalid
>>> exit()
(pynio_env)
from pynio.
That's odd, I wonder if there's something wrong with the gdal package. Could you please run ldd /data/aqf/barryb/anaconda2/envs/pynio_env/lib/libgdal.so.20
?
Also, what Linux distribution are you using?
from pynio.
out of ldd:
(pynio_env) [barryb@aitken ~]$ ldd /data/aqf/barryb/anaconda2/envs/pynio_env/lib/libgdal.so.20
not a dynamic executable
and linux distribution:
lsb_release -a
LSB Version: :core-4.0-amd64:core-4.0-ia32:core-4.0-noarch:graphics-4.0-amd64:graphics-4.0-ia32:graphics-4.0-noarch:printing-4.0-amd64:printing-4.0-ia32:printing-4.0-noarch
Distributor ID: RedHatEnterpriseServer
Description: Red Hat Enterprise Linux Server release 5.11 (Tikanga)
Release: 5.11
Codename: Tikanga
from pynio.
This is starting to make sense... I'm not entirely sure why, but some of the conda-forge packages are incompatible with versions of RHEL/CentOS below 6.
conda-forge's build environment uses CentOS 6.8, so it seems like some of the shared objects (libgdal.so.20 for example) created in that environment are not being recognized on your RHEL 5.11 machine. Would it be possible to update this machine to a newer version of Red Hat, and if not is there another machine you could try running PyNIO on?
from pynio.
There is another machine I have access to where I can perform these. However, I'd still like to find a work around for this machine as there are some other users who use a tool I've built that relies on PyNIO. Is it possible to get the dbrown or NCAR channels to work?
from pynio.
from pynio.
I'm going to try installing it on the NCEP machines and go from there. I'm currently building it on a small server in our lab. I'd still like to find a solution if possible. I have been able to get it working before. Its just a little touchy.
I'm mainly worried about PyNIO as it integrates nicely with xarray.
from pynio.
from pynio.
This would be useful for me. I use this on NCEP production machines as well and I am having trouble getting it running on there.
from pynio.
from pynio.
Awesome! Thanks @david-ian-brown
from pynio.
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