Comments (8)
你好,
可以给出运行代码吗,在这里交流可以方便后来人。
from bsa.
`REF=/data/Erick_Tong/ref_genome/02HFTH1/Malus_domestica_HFTH1_v1.0.a1.fa.fai
BSA=/data/Erick_Tong/software/bsa-master
INPUT=/data/Erick_Tong/bsatest/hf_BSAseq/09_1combin_A3A4P1P2/filter_result/00A3A4P1P3_pass_snp_bi_vcf
FILE=bsa_bc
#step 01 simulation
#simulation and get delta snpindex confidence intervals for given population type(f2, ril, bc1), depth and bulk size.
perl $BSA/simulation_v2.pl -k snp1
-od $FILE
-pt bc
-s1 20
-s2 20
-rp 10000
-ci 95,99
-md 10
-xd 200
-mi 0
-rb /data/Erick_Tong/software/miniconda3/envs/R/bin/Rscript
echo "step 01 is OK"
#step 02 bsa calculation
#calculate (snpindex, g-statistic, ed, fisher exact test(fet)) of two bulks using vcf file with/without parent(s)
perl $BSA/bsaindex.pl -v $INPUT
-k snp2
-od $FILE
-b1 A3
-b2 A4
-p1 wxh
-p2 hanfu1
-pt f1
-ep 2
-mt all
-sf $FILE/snp1.cisim.xls
-rb /data/Erick_Tong/software/miniconda3/envs/R/bin/Rscript`
检测了一下主要是在上面第2步‘-pt’参数的问题,我用‘bc’或者‘ril’的话就可以做出全部染色体的图,而第二步的‘-pt’参数换成‘f1’就只有一和号染色体的结果数据和图了,还有第一步'-pt'参数不能选择‘f1’。
from bsa.
你好,
1)F1不能做simulation的原因见附件;
2)F1推荐使用-ab T,不用给-sf,原因见附件;
3)如果你是果树的f1群体,不能用bc ril或者dh的,因为后三者使用的标记类型是aaxbb,即两亲本纯合异质位点,而F1使用的标记类型是nnxnp、lmxll和hkxhk,即至少有一个亲本是杂合的;
4)位点被去除的原因可以在$FILE/snp2.drop.vcf中的第7列查看,可以cut -f 7 $FILE/snp2.drop.vcf|grep -v "#"|sort|uniq -c看看主要是什么原因(可以贴出来让我看一下);各个原因解释如下,可以自己对照一下
B1depthL 混池1深度过低
B1miss 混池1缺失
B2depthL 混池2深度过低
B2miss 混池2缺失
IndexL snpindex不满足给定的条件
Oallelic 位点在亲本间没有多样性
P1depthL 亲本1深度过低
P1miss 亲本1缺失
P2depthL 亲本2深度过低
P2miss 亲本2缺失
Pgenotype 亲本的基因型不符合群体类型的要求(当群体为f1时,亲本不是基因型nnxnp,lmxll和hkxhk中的任意一种;当群体为非f1时,亲本的基因型不是aaxbb)
posDup 这个位点的位置与前面的某个位点重复了
from bsa.
好的,非常感谢耐心细致的解答,确实解决了我的很多疑问
这是我之前的代码
#step 02 bsa calculation
#calculate (snpindex, g-statistic, ed, fisher exact test(fet)) of two bulks using vcf file with/without parent(s)
perl $BSA/bsaindex.pl -v $INPUT
-k snp2
-od $FILE
-b1 A3
-b2 A4
-p1 wxh
-p2 hanfu1
-pt f1
-ep 2
-mt all
-sf $FILE/snp1.cisim.xls
-rb /data/Erick_Tong/software/miniconda3/envs/R/bin/Rscript`
发现结果文件里(包括snp2.drop.vcf)都只有Chr00,Chr01和Chr02 的位点,并不是被过滤掉的
69M 7月 7 14:52 snp2.all.xls
14M 7月 7 14:52 snp2.basic.xls
52M 7月 7 14:52 snp2.drop.vcf
9.2M 7月 7 14:52 snp2.ed.xls
346 7月 7 10:30 snp2.fet.r
15M 7月 7 14:52 snp2.fet.xls
9.1M 7月 7 14:52 snp2.gst.xls
39M 7月 7 14:52 snp2.index.xls
现在根据建议修改后的代码
#step 02 bsa calculation
#calculate (snpindex, g-statistic, ed, fisher exact test(fet)) of two bulks using vcf file with/without parent(s)
perl $BSA/bsaindex.pl -v $INPUT
-k snp2
-od $FILE
-b1 A3
-b2 A4
-p1 wxh
-p2 hanfu1
-pt f1
-ep 2
-mt all
-ab T
-rb /data/Erick_Tong/software/miniconda3/envs/R/bin/Rscript
结果没有问题
from bsa.
你好,还有一个问题就是,利用'-ab T'加绝对值,不用-sf之后,后面对snp-index 这种方法就无法用plotting 那一步脚本画图了
from bsa.
你好,
“发现结果文件里(包括snp2.drop.vcf)都只有Chr00,Chr01和Chr02 的位点,并不是被过滤掉的”,这可能是遇到什么情况程序断掉了,正常情况下,不太可能只计算一部分。
“还有一个问题就是,利用'-ab T'加绝对值,不用-sf之后,后面对snp-index 这种方法就无法用plotting 那一步脚本画图了”,用-ab T不用-sf,结果就与ED或者Gst一样了,参照ED的画图命令即可,只是需要注意一下值所在的列。
from bsa.
好的,谢谢
我看到后面ED和Gst方法画图的阈值是直接给的值,这个值是需要根据自己的数据算吗?比如top1%,top5%
from bsa.
可以读一下说明中命令行下面的说明,可以自己算,用R的quantile()函数,或者先运行qtl_region.pl,在标准输出中有打印出来。
from bsa.
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from bsa.