admiralenola / niph_tb_pipeline Goto Github PK
View Code? Open in Web Editor NEWWGS pipeline for Mycobacterium tuberculosis at the Norwegian Institute of Public Health (NIPH)
WGS pipeline for Mycobacterium tuberculosis at the Norwegian Institute of Public Health (NIPH)
For example, embA C-16T becomes C16T
Technically not a mix, but the same thing
Eg veit det er veldig mykje som går for seg på din front for tida Ola, og dette er ikkje noko som hastar veldig, men vi sat nett og diskuterte litt tolkning av output frå IPL i dag (eg, AT og I). Så vidt eg forstår, og ref 702-BMY-AR-001, er reglane som styrer kva tekst som blir printa i IPL rapport følgande:
Dette er alle kriteriene som må være oppfylt for å få stemplet «OK» (Testes sekvensielt):
Det er eit par ting som er litt uklart og eit par ting som kanskje bør endrast tekst-messig. Tek det punktvis her, kom gjerne med innspel om noko er uklart eller om eg tolkar noko feil etc.
Viss vi tenker gjennom dette grundig, treng vi ikkje endre fleire gongar, og så kan endringane evt bli utført når du har tid og overskot. Etter mitt syn er det heller ikkje naudsynt å gjere ein validering i etterkant av ein slik rein tekst-messig endring av IPL. Det burde halde å teste eit par isolat og sjekke at den printa teksten kjem ut som forventa.
Helsing Vegard :)
Hei,
Vegard nevnte at WHO mutasjonskatalogen ev. kan «kobles til» den interne pipelinen og benyttes i denne EQA.
Det hadde jo vært supert hvis du/dere hadde fått til det!
Når det gjelder mottak og svarfrist, skriver Rikard:
“It is planned that the DNA will be shipped in October with results expected to be returned within approximately 6 weeks.”
Så da blir det vel å svare i løpet av desember.
Hilsen Anne Torunn
LINK: https://www.who.int/publications/i/item/9789240028173
file:///C:/Users/OLBB/Downloads/9789240028173-eng.pdf
På hver rapport skrives også ut hvor mange isolater som finnes i DB og som er med i sammenligningsgrunnlaget.
For example, when M. canetti, it should not say lineage 4.9 due to no mutations
Has been added in 0.9d
Database er ganske gammel
A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.
🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.
TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.
An Open Source Machine Learning Framework for Everyone
The Web framework for perfectionists with deadlines.
A PHP framework for web artisans
Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉
JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.
Some thing interesting about web. New door for the world.
A server is a program made to process requests and deliver data to clients.
Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.
Some thing interesting about visualization, use data art
Some thing interesting about game, make everyone happy.
We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.
Open source projects and samples from Microsoft.
Google ❤️ Open Source for everyone.
Alibaba Open Source for everyone
Data-Driven Documents codes.
China tencent open source team.