babinyurii / lab_genetic_reporter Goto Github PK
View Code? Open in Web Editor NEWour in-house Django-based tool for registering genetic samples and creating automatic conclusions based on SNP detection results
our in-house Django-based tool for registering genetic samples and creating automatic conclusions based on SNP detection results
just refactor long methods
Добавить в редактор маркера клин. значение определенной аллели norm/mut
в процессе удаления:
удаляешь вывод по Sample, потом сам Sample, все хорошо ошибки не выдает и ничего после себя не оставляет
Потом решил удалить Detection kit, то остаются выводы по снипам, которые были забиты для этого теста, только они ни к какому киту не приписаны
Но удаляются они тоже нормально
Может надо сделать чтобы при удалении кита подтягивались под удаление и выводы по снипам?
Был создан маркер с неправильными аллелями, с ним создали правило.
В этом маркере изменили аллели, сохранили изменения, но в программе остались старые значения аллелей и добавились новые и в правиле, где есть этот маркер есть варианты комбинации и со старыми значениями аллелей и с новыми, вместо 9, 18 комбинаций
Если удаляешь правило и создаешь его заново, то указаны в маркерах нужные аллели и 9 комбинаций, как надо
Обновление conclusion for report происходит, только после удаления и заново ввода данных маркеров
Создаешь sample, вбил результат маркеров, смотришь вывод, а там ошибка, идешь исправлять в Report rules: conclusion for genotype combinations, сохраняешь, смотришь вывод опять, а он не исправился/ не обновился.
Приходится удалять conclusion for patient, заново вбивать значение маркеров и только после этого вывод обновляется
Отсутствуют фильтры в Report rule two snps
Добавить фильтр правил по тестам - detection kits
Механические свойства
Увлажнение
Фотозащита
Воспаление
Пищевые непереносимости
Гормоны
search by
Сложная цепочка удаление образца
Можно создать образец, не указывая тест, и удалить его спокойно
Стандартно создаешь Sample, указываешь все нужные поля и главное тест, позже хочешь удалить образец, программа тебе не дает этого сделать, пока не будут удалены все элементы связанные с Sample
То есть только после удаления SNP results Sample, conclusion for report если забила результат и он есть, удаления теста в самом Sample, ты только после этого можешь удалить Sample
объекты заключения по каждому снипу сохраняются после создания промежуточной записи DetectionKitMarkers
поэтому, чтобы перезаписать объект полностью, нужно удалить и после заново привязать маркер
возможное решение: при сохранении объекта DetectionKit проверять связанные маркеры и проверять, есть ли по ним объекты заключений. Если нет таких, тогда создавать.
C:\Users\yuriy\django_prjs_for_our_lab\lab_genetic_reporter\detection_kits\models.py
class DetectionKitMarkers(models.Model):
переходя по ссылке в профиле маркера, ссылка открывается в текущей вкладке, лучше, чтобы открывалась в новой
Пока можно добавить предупреждение об этом
Есть тест Epilation, в котором по большей части генов вывод идет по результату гена, но есть вывод по сочетанию результатов генов IL13 и IL4. Я создала правило для них, внесла все выводы для них, в conclusion for each SNP genotype тоже внесла вывод. Когда начала вносить результаты по Sample, то в случае IL13 все было нормально, а в случае IL4 ошибку
A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.
🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.
TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.
An Open Source Machine Learning Framework for Everyone
The Web framework for perfectionists with deadlines.
A PHP framework for web artisans
Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉
JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.
Some thing interesting about web. New door for the world.
A server is a program made to process requests and deliver data to clients.
Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.
Some thing interesting about visualization, use data art
Some thing interesting about game, make everyone happy.
We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.
Open source projects and samples from Microsoft.
Google ❤️ Open Source for everyone.
Alibaba Open Source for everyone
Data-Driven Documents codes.
China tencent open source team.