biocad/cobot

Computational biology toolkit to collaborate with researchers in constructive protein engineering

cobot's Issues

Реализовать выравнивание с аффинными гэпами

Global, Local, Semiglobal Alignment

Подключить cobot-io: чтение

Подключить cobot-io в качестве зависимости, реализовать конвертацию Model из cobot-io в разные представления аминокислотных цепей.

Заменить Array на UArray

Использовать UArray вместо Array в align. Измерить прирост производительности.

Реализовать структурное выравнивание

Выход за границы массива в выравнивании

Выравнивания с положительным штрафом за разрыв (как обычным, так и аффинным) падают с ошибкой выхода за границы массива. Для воспроизведения:
ar = align (GlobalAlignment blosum62 (10 :: Int)) "QVQLVQSGGGLVQAGGSLRLSCAASGGTFATSPMGWLRQAPGKGTEFVAAISPSGGDRIYADSVKGRFTISRDNAGYFIYLQMNSLKPEDTAVYYCAVRRRFDGTSYYTGDYDSWGQGTLVTVSS" "EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKVQLERYFDYWGQGTLVTVSS"

viewAlignment ar

Добавить линзы-модификаторы для двугранных углов

Требуется написать линзы со следующим интерфейсом:

> chain ^. phi i .~ pi

В выравнивании сохранять путь в отдельной матрице

При построении списка операций редактирования происходит дублирование вычислений. Сначала при построении матрицы скоров в каждой ячейче находится максимум из трёх чисел. Потом, при построении списка операции, эти же числа вычисляются снова, чтобы понять какое конкретно их них было наибольшим. Можно сохранять эту информацию сразу в дополнительной матрице.

Подключить cobot-io: запись

Реализовать преобразование различных представлений аминокислотных цепей в вид Model из cobot-io.

Провести рефакторинг структуры

Пришли к тому, что структура будет выглядеть как-то так:

Bio
   Protein
     AminoAcid
       Internal (?)
         Type(s).hs
         Instances.hs
      Chain
        Internal (?)
          Builder
          Type(s).hs (?)
      Molecule
      Metric
      Algebra
      Reader
        PDB
        Fasta
      Writer
         PDB
         Fasta
  Utils
     IO
       PDB
         Internal (?)
           Type(s).hs
           Writer.hs
           Reader.hs

Протестировать выравнивание

Добавить тесты на все виды выравниваний. Исправить обнаруженные ошибки.

Добавить базовые типы для представления PDB и классы для чтения/записи в/из файлов или текста

Это необходимо сделать с расчётом на то, что в будущем это расширится и для других форматов. Пока что планируется в некотором виде передрать структуру bio-io.