centeio/hmm

hmm's Issues

Se possível, alterar probabildades para probabilidade de uma letra, num estado, tendo em conta a letra anterior.

Implemente os Algoritmos de Viterbi e de Forward para HMMs.

Compare usando para treino a própria bactéria, uma bactéria semelhante e outra mais distante.

Treine os algoritmos (não precisa de forward).

Ler o ficheiro FASTA da E-coli K12:

• O ficheiro GB contem a informação sobre as partes que são gene (sendo as outras não gene); ou seja, se diz "gene 190..255" significa que de 190 a 255 é material genético;
  Fazer contagens com base no modelo que temos de HMM (imagem a ser publicada no README):
• contar de quantas vezes passa de N-Gene para Gene e adicionar isso à probabilidade de transmissão do estado 0 para estado 1; da mesma forma, calcular a probabilidade de passar de 6 para 7 (para o ultimo codon).
• No estado 1 contar a probabilidade de emissão de cada letra ACGT (contar quantas vezes cada uma das letras aparece no primeiro lugar de uma parte genética; o mesmo para o 2 e 3.
• Para cada codon, contar a probabilidade de emitir cada letra em 1º, 2º e 3º lugar. se materia genético (tirando primeiro codon e último) for CGTCGT, contar C duas vezes para 1º lugar, G duas vezes para 2º e T duas vezes para 3º.

Tente aplicar estes algoritmos num um genoma bacteriano, eg. E-Coli