chalkless/dbcls_sra

DBCLS Seq Read Archive

======= DBCLS_SRA

DBCLS Seq Read Archive

いつまでもこのページがあるかというとそうでもないかもしれないし、 この文が消えるのかもしれない、という

mkdat.sh

• 検索用データ作るのにこれが動く
  • DDBJだのからSRAデータをミラーしてくる
  • DDBJだのNCBIだのからBioProjectデータをミラーしてくる
  • EBIは? BioSampleは?

mk.idTable.sra.3.pl

• 各メタデータファイルの関係性を抽出する

• 自分自身のID抽出

  • Study: <STUDY .*accession="(.RP\d{6})"
  • Experiment: <EXPERIMENT .*accession="(.RX\d{6})"
  • Sample: <SAMPLE .*accession="(.RS\d{6})"
  • Run: <RUN .*accession="(.RR\d{6})"/
  • Analysis: <ANALYSIS .*accession="(.RZ\d{6})"

• リンク

  • <EXPERIMENT_REF .*accession="(.RX\d{6})"

  • <TARGET .*accession="(.RX\d{6})"

  • <SAMPLE_DESCRIPTOR .*accession="(.RS\d{6})"

  • <STUDY_REF .*accession="(.RP\d{6})"