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😷️🇵🇹 Dados relativos à pandemia COVID-19 em Portugal

😷️🇵🇹 Dados relativos à pandemia COVID-19 em Portugal

📅️ Última actualização: 15 de Março de 2020, 12h

ℹ️ Fonte dos dados: Direcção Geral de Saúde - Ministério da Saúde Português, através do dashboard do COVID-19 (aqui e dos relatórios de situação publicados diariamente desde 03/03/2020.

🤔 Contexto

Embora a comunicação e partilha de dados por parte do Ministério de Saúde Português tenha melhorado consideravelmente ao longo da crise do COVID-19, ainda está longe de ideal (havendo a destacar o exemplo do repositório da Protecção Civil Italiana no GitHub).

A informação disponibilizada pela Direcção Geral de Saúde (DGS), para além de não ter o nível de granularidade da das autoridades italianas, também não é disponibilizada em formatos abertos e facilmente inspeccionáveis/manipuláveis. Ficam assim dificultadas tarefas de análise, modelação e visualização por parte da comunidade (quer mais informal, quer mais académica/industrial) disposta a colaborar no combate à pandemia com as ferramentas que conhece: as de análise de dados.

❗ O compromisso deste repositório é justamente esse: todos os dias enquanto esta pandemia durar, o ficheiro data.csv será actualizado com a informação mais recente disponibilizada pela Direcção Geral de Saúde. Esta informação será extraída do relatório de situação o mais rapidamente possível após a sua disponibilização (que costuma ser ~12h00 GMT+00:00).

A estrutura base deste ficheiro, desenhada para fácil manipulação em Excel/Python/R não mudará, podendo a comunidade analítica considerá-lo um alvo imutável (em termos de localização e estrutura) para, por exemplo, alimentar plataformas de visualização/modelação. De notar que, mediante a evolução do formato dos relatórios de situação, poderão ser adicionadas novas colunas, mantendo-se claro a retrocompatibilidade. Fontes adicionais de dados poderão também ser adicionadas.

Porque tudo começa com bons dados.

🧱 Estrutura

O repositório está organizado da seguinte forma:

• data.csv: o Pastel de Nata.
• archive/: arquivo de todos os relatórios de situação disponibilizados pela DGS, em formato .pdf. Os relatórios são disponibilizados diariamente, desde o dia 03-03-2020.
• notebooks/: contém um notebook Python com um simples de como carregar e visualizar os dados.

📔 Dicionário dos dados

Uma explicação do conteúdo em data.csv.

📝 ARS: Administração Regional de Saúde

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
data	Data de publicação dos dados (nem sempre os dados reflectem a realidade desse dia, podendo nalguns casos estar desfasados)	Data no formato DD-MM-YYYY
confirmados	Casos confirmados	Inteiro >= 0
confirmados_arsnorte	Casos confirmados na ARS Norte	Inteiro >= 0
confirmados_arscentro	Casos confirmados na ARS Centro	Inteiro >= 0
confirmados_arslvt	Casos confirmados na ARS Lisboa e Vale do Tejo	Inteiro >= 0
confirmados_alentejo	Casos confirmados na ARS Alentejo	Inteiro >= 0
confirmados_arsalgarve	Casos confirmados na ARS Algarve	Inteiro >= 0
confirmados_acores	Casos confirmados na Região Autónoma dos Açores	Inteiro >= 0
confirmados_madeira	Casos confirmados na Região Autónoma da Madeira	Inteiro >= 0
confirmados_estrangeiro	Casos confirmados no estrangeiro	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
confirmados_novos	Total de novos casos confirmados comparativamente ao dia anterior	Inteiro >= 0
recuperados	Total de casos recuperados	Inteiro >= 0
obitos	Total de óbitos	Inteiro >= 0
internados	Total de pacientes COVID-19 internados	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
internados_uci	Pacientes COVID-19 internados em Unidades de Cuidado Intensivos	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
lab	Total de casos suspeitos a aguardar resultados laboratoriais	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
suspeitos	Total de casos suspeitos (tendo a definição sido actualizada a 29/02/2020)	Inteiro >= 0
vigilancia	Total de casos sob vigilância pelas autoridades de saúde	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
infirmados	Total de casos cuja suspeita de infecção não se confirmou	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
cadeias_transmissao	Número de cadeias de transmissão do SARS-CoV-2 activas	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
transmissao_importada	Número de casos confirmados com transmissão por via de infectados de outros países	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador
transmissao_comunitaria	Número de casos confirmados com transmissão por via da respectiva comunidade local	Inteiro >= 0 ou NaN para os dias em que a DGS não reportava este indicador

Relativamente à coluna data, esta corresponde à data em que a DGS disponibilizou esta informação, que nem sempre corresponde à data de recolha. A partir de 03-03-2020, é possível verificar nalguns relatórios de situação (disponíveis na pasta archive/) a data efectiva de recolha da informação apresentada.

Nos seus relatórios de situação, a DGS reporta alguma informação epidemiológica extra, como género e grupo etário dos infectados, que poderá vir a ser adicionada caso haja interesse para tal.

Uma outra métrica com potencial interesse científico, o número de casos com base na data de início de sintomas, é também reportada pela DGS. No entanto, é apenas disponibilizado um gráfico de eixos esparsos, o que pode introduzir erros de aproximação na transcrição e comprometer a factualidade dos dados. Por essa razão, esta informação é propositadamente excluída.

💡 Problemas, inconsistências e melhorias

Quaisquer sugestões de dados complementares (provenientes de fontes oficiais), inconsistências nos dados ou melhorias genéricas, à vontade ➡️ Issues ou Pull Requests.

🌍 Sobre a Data Science for Social Good Portugal

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