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Eindeutige Inputs
Hey Katinka,
bin gerade dabei die beiden "eindeutige inputs" Bedingungen zu beschreiben:
% inputs must not be positive and negative in the same gate
:- gate_input(GateID,positive,MiRNA), gate_input(GateID,negative,MiRNA).
% an input cannot be used for two different gates
:- gate_input(X,_,MiRNA), gate_input(Y,_,MiRNA), X<Y.
Dabei ist mir aufgefallen, dass man die beiden Bedingungen durch folgenden Zeile ersetzen kann
{gate_input(GateID,Sign,MiRNA): is_sign(Sign),is_gate(GateID)} 1 :- is_miRNA(MiRNA).
Oder übersehe ich da was?
breaking symmetries
Mir ist gerade aufgefallen, dass die Zuweisung von gate typen zu gate ids leider alle möglichen Permutationen zuläßt. Schau die zum Beispiel die optimalen toy modelle an, es gibt 4 Lösungen:
g2 * !g1
!g2 * g1
!g1 * !g3
!g3 * !g1
Das wollen wir natürlich nicht. Bin mir aber nicht sicher wie schwierig es ist, das durch Constraints rauszubekommen.
Optimization Priorities
Ich glaube wir haben die priorities im optimize statement verwechselt. Aus dem Handbuch:
#maximize[ hd(1)=250@1, hd(2)=500@1, hd(3)=750@1, hd(4)=1000@1 ]. #minimize[ hd(1)=30@2, hd(2)=40@2, hd(3)=60@2, hd(4)=80@2].
The priority levels indicate that (minimizing) price is more important than (maximizing) capacity.
Das heißt es wird zuerst 2 und dann 1 optimiert. Habe das eben entdeckt, als ich casestudy04 ausprobiert habe.
occurences of gate type
is_gate_type
sollte hier glaube ich ausserhalb des count constraints stehen, also anstatt von
% the number of occurences of a gate type is bounded
{gate_type(GateID,GateType): is_gate_type(GateType), is_gate_id(GateID)} X :-
upper_bound_gate_occurence(GateType,X).
besser
{gate_type(GateID,GateType): is_gate_id(GateID)} X :- is_gate_type(GateType),
upper_bound_gate_occurence(GateType,X).
andererseits sind die Lösungen in beiden Fällen wohl gleich..
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