The pycofbuilder from lipelopesoliveira

AssertionError: Building Block name is invalid!

I have generated a cjson file of the building block and put it in the pyCOFBuilder-master\src\pycofbuilder\data\core\T3 file, but running it will display an AssertionError: Building Block name is invalid!
Symm: True, Core: False, Connector: True, Functional Group:True

Adicionar grupos R derivados de epoxido

Motivação

O artigo A Three-Dimensional Cu(II)-MOF with Lewis acid−base dual functional sites for Chemical Fixation of CO2 via Cyclic Carbonate Synthesis apresenta diversos grupos contendo epoxido, que pode ser utilizado para fixação catalítica de CO₂ através da cicloadição do CO₂ à esses grupos.

O que deve ser feito?

Adicionar esses grupos como possíveis grupos R disponíveis, como na figura abaixo:

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Novos grupos R capazes de realizar fixação catalítica de CO₂.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não

Aumentar lista de núcleos aromáticos

Motivação

A lista de núcleos aromáticos pode ser ampliada.

O que deve ser feito?

Adicionar os blocos presentes na imagem abaixo que estão faltando.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Novos núcleos aromáticos

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não

Finalizar adição das redes 2D

Motivação

A primeira versão beta do pyCOFBuilder deve possuir todas as redes bidimensionais possíveis com diversos blocos de construção.

O que deve ser feito?

Implementar o conjunto de códigos necessário para possibilitar a criação das redes bidimensionais.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

As 5 redes bidimensionais e suas versões augumented implementadas e prontas para ser utilizadas.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Para cada rede o conjunto de empilhamentos possíveis deve ser definido e implementado.

Criar logotipo para o programa

O que deve ser feito?

Desenvolver uma versão própria e melhorada para o logotipo do programa.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Um arquivo vetoral de imagem e um padrão de identidade visual para o programa.

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não.

Implementing LON topology

Motivation

I was wondering about other 3D topologies, I'm mainly interested in 'lon'.

What should be done?

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Pedido de adição de novo ligante

Motivation

A molécula 1,2,3-triaminoguanidine foi usada para sintetizar o COF DhaTGCl COFN no artigo "Anti-scaling covalent organic framework membranes with custom-tailored nanochannels for efficient lithium extraction". DOI:https://doi.org/10.1016/j.cej.2023.142112

What should be done?

Adicionar essa molécula como ligante(bloco tripodal)

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Selecionar estruturas na literatura com alta cristalinidade e comparar os parâmetros de célula

O que deve ser feito?

Selecionar estruturas de COFs que apresentem alta cristalinidade para comparar os dados com as estruturas geradas pelo pyCOFBbuilder

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Uma lista de estruturas e arquivos .cif

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não

COFs selecionados:

Adicionar blocos de construção com carbenos

Motivação

É possível existir COFs formados a partir de blocos de construção contendo carbenos, como na figura abaixo.

O que deve ser feito?

Adicionar essas moléculas como blocos de construção lineares.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Template

{'name': " ",
   'smiles': '',
   'code': '',
   'xsmiles': '',
   'xsmiles_label': '|$$|'},

Adicionar blocos de construção derivados de indenofluorenos e indacenedithiophenes

Motivação

Derivados de indenofluorenos e indacenedithiophenos podem apresentar propriedades eletrônicas e óticas interessantes.

Referência:

Synthesis and properties of fully-conjugated indacenedithiophenes

DOI: 10.1039/C3SC53181C (Edge Article) Chem. Sci., 2014, 5, 1008-1014

O que deve ser feito?

Adicionar núcleos aromáticos derivados de indenofluorenos e indacenedithiophenos.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

How to build a new cof module monomer

Hello, I would like to ask how to build a new cof module monomer. For example, I built a gjf file of a new cof monomer through gview, but I noticed that a json file is also needed for pyCOFBulider to identify it. May I ask how this Json file is generated through gjf file?

Adicionar núcleos de blocos de construção fotoativos

Motivação

O artigo Exploring the “Goldilocks Zone” of Semiconducting Polymer Photocatalysts by Donor–Acceptor Interactions contém alguns blocos de construção fotoativos. Esses blocos devem ser adicionados à lista de núcleos aromáticos disponíveis no pyCOFBuilder.

O que deve ser feito?

Adicionar os blocos de construção da imagem abaixo à lista de núcleos disponíveis.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Novos arquivos .gjf contendo núcleos aromáticos fotoativos

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Prestar atenção às posições dos grupos R.

Blocos de construção com atividade redox

Motivação

O artigo π-Conjugated redox-active two-dimensional polymers as organic cathode materials possui algumas moléculas que podem servir de blocos de construção para COFs com atividade redox.

O que deve ser feito?

Adicionar os blocos de construção das moléculas abaixo na lista de núcleos orgânicos disponíveis.

Etapas para a realização desta tarefa:

Checar quais destes blocos já estão disponíveis;
Definir a nomenclatura IUPAC e o código de 3 letras para cada bloco;
Criar o modelo 3D das estruturas em formato .gjf;
Otimizar a estrutura de cada bloco;
Adicionar o arquivo .gjf em cada pasta respectiva;
Adicionar o esquema das estruturas com nomenclatura e código de 3 letras o slide de blocos disponíveis

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Novos blocos de construção com atividade redox.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não

Add Nitrone-Linked connection group

Motivação

Recentemente o artigo

Porous Crystalline Nitrone-Linked Covalent Organic Framework

Daria Kurandina,‡ Banruo Huang,‡ Wentao Xu, Nikita Hanikel, Kaiyu Wang, F. Dean Toste,* Omar M. Yaghi

foi publicado, introduzindo o grupo conector derivado de nitrônio.

O que deve ser feito?

Adicionar esse grupo conector na lista de possibilidades.

Etapas para a realização desta tarefa:

Definição do código que corresponde a esse grupo
Geração das posições atômicas
Otimização da geometria de uma estrutra igual a do artigo
Alterar as posições inicialmente geradas pelas otimizadas

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Um novo grupo conector.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Link: https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/64129ac2dab08ad68f2f71b3

Implement 4+3 3D nets

Motivation

It is possible to build COFs connecting R/S4 and T3 building blocks forming different 3D nets. Source

What should be done?

Implement the nets fcc, tbo, fjh, gee, mhq, pto as illustrated below:

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Adicionar módulo para obter informações dos dados

Motivação

Atualmente os dados das estruturas dos blocos de construção, radicais e conectores estão sendo salvos em formato .xyz em estruturas de pastas.

O que deve ser feito?

Salvar os dados em formato .json com mais informações e criar um módulo para carrega-los de maneira mais simples.

Etapas para a realização desta tarefa:

Criar um Json-Schema para salvar as infomações
Criar um módulo para a leitura e obteção desses dados
Aterar o código para utilizar esse módulo
Executar testes

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Um novo módulo para lidar com os dados das estruturas

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não

Alterar os simbolos para representar simetria e conectividade dos blocos de construção.

Motivação

O artigo Reticular Chemistry 3.2: Typical Minimal Edge-Transitive Derived and Related Nets for the Design and Synthesis of Metal–Organic Frameworks apresenta um conjunto de símbolos para representar tanto a figura geométrica do bloco de construção quanto a conectividade deles.

O que deve ser feito?

Alterar a forma como a representação é feita agora para seguir a tabela abaixo:

Symbol	Coordination	Geometric Figure
L	2	Line
T	3	Triangle
S	4	Square
T	4	Tetrahedron
O	6	Octahedron
P	6	Trigonal prism
H	6	Hexagon
C	8	Cube
A	8	Square antiprism
E	8	Octagon
B	12	Cuboctahedron
I	12	Icosahedron
U	12	Truncated tetrahedron
X	12	Hexagonal prism

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

KGM e KGM-A

Motivação

Dentre as redes 2D de COFs uma das possíveis é as redes KGM e KGM-A.

O que deve ser feito?

Adicionar os códigos para a criação dessas redes.

Etapas para a realização desta tarefa:

Definir os pontos cristalográficos dos nós da rede
Adicionar o código para criar a rede KGM
Adicionar o código para criar a rede KGM-A
Buscar blocos de construição novos para essa rede
Adicionar esses blocos de construção
Testar as estruturas geradas
Estudar os possíveis tipos de empilhamento para essa rede;
Adicionar os empilhamentos possíveis.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

A possibilidade de criar redes KGM e KGM-A.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Os blocos de construção para a criação dessa rede devem ser adicionados.
Os tipos de empilhamentos possíveis devem ser estudados.

KGD e KGD-A

Motivação

Redes KGD e KGD-A são compostas por blocos de construção com conectividade 6.

O que deve ser feito?

Implementar o código para a criação dessas redes.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Add log

Motivation

A log should print on the screen or saved on disk when creating a BuildingBlock or a Framework object

What should be done?

Implement a log system with controllable verbosity

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Converter a distância padrão dos grupos R

O que deve ser feito?

Alterar a distância padrão de 1.0 angstrom para 0.5 angstrom nos grupos R.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Novos arquivos de bloco de construição e Grupos R apresentando a distância padrão -X com 0.5 angstrom.

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Checar se precisa de alguma modificação mais complexa nos códigos para que essa mudança seja implementada.

Add new building blocks

Motivação

Launch Sphinx-based manual

Motivation

Sphinx-based manual can improve the documentation and make easy to people to use the package.

What should be done?

Create a Sphinx-based manual

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Addition of building block into core library

Could we please add this ditopic building block to the core library (added with .txt extension because of GitHub file type support)? It comes from this paper -- DOI: 10.1002/cssc.201903545

Thanks!
ECBZ.txt

Assinalar átomos segundo sua origem

Motivação

Pode ser interessante assinalar para cada átomo sua origem (BB1, BB2, Q, R).

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Escrita do artigo pyCOFBuilder

O que deve ser feito?

Escrita do artigo do pyCOFBuilder, descrevendo suas principais funcionalidades, benchmarks dos resultados e tudo mais.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Versão do artigo pronta para submissão.

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Link para o artigo: https://www.overleaf.com/project/62a8cd22f2ce185d3524a4e7

Layout do artigo

Introdução

O que são COFs e quais são suas aplicações
Química reticular e suas vantagens
Cálculos high-througput como novo paradigma da pesquisa
Banco de dados existentes e suas limitações
Apresentação do pyCOFbuilder e descrição das principais características e resultados

Resultados

Explicar o racional por trás da nonemclatura
Explicar em detalhes a forma de construção dos Building Blocks
Explicar em detalhes a forma de construção de um Reticulum
Explicar em detalhes a organização do código e funcionamento das classes.
Mostrar um exemplo de utilização para construção de uma estrutura específica e discutir possibilidade de geração de múltiplas variantes estruturais
#31
Otimizar as estruturas geradas pelo pyCOFBuilder e analisar se na média o resultado muda muito.
Explorar aplicação para captura de gases poluentes.

Metodologia

Métodos DFT
Métodos para o cálculo de cargas parciais
Motodologia GCMC

To-do

Refazer Figura 1 do artigo.
- Essa figura devera apresentar de maneira simples e clara o processo de criação da estrutura a partir dos conceitos de Química Reticular.
Preparar Figura 2 do artigo.
- Essa figura deverá ser um painel, que apresente vários conceitos em uma figura só. Texto provisório de descrição da figura:

Example of organic cores, connection groups and functional groups available to generate a COF structures. The organic cores are enconded on the COF string representation using the four letter code presented below the structures. Although arbitrarily defined, the letters are thought to represent an abbreviation of the IUPAC name of the molecule from which the organic core is derived. Q marks the position of the connection groups and Rx marks the position of the functional groups. Both the connection group and functional groups are encoded using the common chemistry abreviation

Converter blocos de construção para formato xyz

Atualmente os blocos de construção estão em formato padrão do GausView (.gjf). Esse formato deve ser modificado para .xyz, com descrição de algumas informações na linha apropriada.

Allow antiparallel stacking

Motivation

Te COFs formed by imine condensation may present a antiparallel stacking, as reported in the papers below

Total scattering reveals the hidden stacking disorder in a 2D covalent organic framework
Alexander M. Pütz, Maxwell W. Terban, Sebastian Bette, Frederik Haase, Robert E. Dinnebier and Bettina V. Lotsc
DOI: 10.1039/D0SC03048A (Edge Article) Chem. Sci., 2020, 11, 12647-12654

Tuning the stacking behaviour of a 2D covalent organic framework through non-covalent interactions
F. Haase, K. Gottschling, L. Stegbauer, L. S. Germann, R. Gutzler, V. Duppel, V. S. Vyas, K. Kern ac, R. E. Dinnebier and B. V. Lotsch
DOI: 10.1039/C6QM00378H (Research Article) Mater. Chem. Front., 2017, 1, 1354-1361

A flavin-inspired covalent organic framework for photocatalytic alcohol oxidation
Stefan Trenker, Lars Grunenberg, Tanmay Banerjee, Gökcen Savasci, Laura M. Poller, Katharina I. M. Muggli, Frederik Haase, Christian Ochsenfeld and Bettina V. Lotsch
DOI: 10.1039/D1SC04143F

Besides that, some building blocks may present a T shape, wich also can allow antiparallel stacking

LI, Yue et al. Synthesis and catalytic properties of metal–N-heterocyclic-carbene-decorated covalent organic framework. Organic Letters, v. 22, n. 18, p. 7363-7368, 2020.

What should be done?

Add an option to generate COFs with the antiparallel stacking.

Adicionar suporte a SMILES e SELFIES

O que deve ser feito?

Adicionar suporte à utilização de códigos SMILES ou SELFIES para a definição dos núcleos aromáticos, grupos radicais ou conectores para a construção dos COFs.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Uma nova classe de criação de COFs com suporte à SMILES ou SELFIES.

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Não

Finalizar a implementação das topologias SQL e SQL-A

Motivação

As topologias SQL e SQL-A estão parcialmente implementas, entretanto é preciso fazer uma revisão minuciosa nos códigos e checar se as simetrias estão corretas. Além disso é preciso checar se os blocos de construção estão com a forma/simetria corretas.

O que deve ser feito?

Finalizar a implementação das topologias SQL e SQL-A

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

As topologias SQL e SQL-A completamente funcionais.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

É preciso checar também os possíveis empilhamentos destas topologias.

Add new connector groups

Motivação

A lista de possíveis conectores entre os blocos de construção está muito limitada. Existem diversos contectores que são sintéticamente acessíveis mas não estão disponíveis.

O que deve ser feito?

Adicionar os conectores abaixo na lista de possíves conectores:

Adaptado de

WANG, Hou et al. Structure–performance correlation guided applications of covalent organic frameworks. Materials Today, 2022.

DOI: 10.1016/j.mattod.2022.02.001

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Adicionar blocos de construção lineares assimétricos

Motivação

Grande parte dos blocos de construção lineares presentes na literatura não apresentam eixo de simetria C2, mas sim C1 por serem assimétricos. Esse tipo de bloco pode fazer com o que o emplilhamento mude pois eles tendem a se empilhar de maneira alternada pois isso diminui o impedimento estérico.

O que deve ser feito?

Imcorporar esse tipo de bloco de construção dentre as possibilidades do pyCOFBuilder e permitir a escolha do tipo de empilhamento: Paralelo ou Antiparalelo

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Novos blocos de construção lineares com dois tipos de empilhamento.

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Checar se para as redes HCB e HCB-A o tipo de simetria continua o mesmo.

Adicionar informações sobre smiles das moleculas

Motivação

Atualmente os blocos de construção e grupos químicos são armazenados na no formato xyz. É possível também adicionar as informações no formato smiles também:

Para o benzeno tripodal:
Organic core: C1=CC=CC=C1
Building Block: [Q]C1=C([Q])C([R1])=C([Q])C([Q])=C1[R1]

O que deve ser feito?

Alterar a forma como as informações são salvas internamente para um formato json que contenha as posições atômicas mas também outras informações sobre os blocos de construção. Considerar utilizar um formato Chemical JSON.

Os códigos para ler o BuildingBlock e criar o Retículo devem utilizar esses arquivos, além de herdar a informação do código SMILES.

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Add 3D nets

Motivation

To allow the reproduction of the COFs chemical and structural space it is necessary to allow the creation of 3D COF structures with different interpenetration degrees.

What should be done?

Implement the code necessary to generate COFs with the topologies:

DIA
DIA-A
BOR

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Avaliar utilização do LGTM para a qualidade do código em python

Motivação

lgtm is a code analysis platform for finding zero-days and preventing critical vulnerabilities

O que deve ser feito?

Avaliar se é possível e como pode ser feita a utilização do lgtm para a análise do pyCOFBuilder.

lipelopesoliveira / pycofbuilder Goto Github PK

pycofbuilder's Introduction

pycofbuilder's People

Contributors

Stargazers

Watchers

Forkers

pycofbuilder's Issues

Motivação

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

O que deve ser feito?

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite ce conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivation

What should be done?

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

Motivation

What should be done?

Steps for the realization of the task:

What will be obtained?

Is there any deadline?

Any other thing?

O que deve ser feito?

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite ce conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

Synthesis and properties of fully-conjugated indacenedithiophenes

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivação

Porous Crystalline Nitrone-Linked Covalent Organic Framework

O que deve ser feito?

Etapas para a realização desta tarefa:

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Possui prazo limite de conclusão?

Mais alguma outra coisa?

Motivation

What should be done?