O algoritmo de força exaustiva é baseado na ideia de geração de todas as subsequências possíveis a partir das entradas SeqA e SeqB.
As substrings são então armazenadas em uma lista. Em seguida, é realizado a comparação e o cálculo do score entre apenas as subsequências de mesmo tamanho.
Assim, tendo todas as comparações e os respectivos scores, seleciona-se o score máximo e suas respectivas entradas. Ou seja, aquelas com maior grau de similaridade.
Importante ressaltar que, seguindo a rubrica e a proposta de criação do algoritmo, uma segunda possibilidade seria também realizar o cálculo do score para aquelas sequências de tamanho diferentes. Para tanto, bastaria utilizar o algoritmo Smith Waterman. Entretanto, foi escolhido outro caminho, pois tal proposta aumentaria consideravelmente o tempo de execução do algoritmo.
Por fim, o alinhamento foi baseado os seguintes valores para comparação:
Comparação | Resultado |
---|---|
iguais | 2 |
diferentes | -1 |