maxiancheng/friendly2mr

friendly2MR

写给观众老爷们的话：

首先，这是一个非常简约的R包，目前主要是孟德尔随机化中的一些辅助简单步骤，目前实现了以下功能：

1.查询多个暴露对一个结局的阳性结果：find_anyexposur_outcome()：一个一个跑，有点慢，凑合着跑吧！

2.查询一个暴露对多个结局的阳性结果:find_exposur_anyoutcome()：同样，一个一个跑，有点慢，凑合着跑吧！

3.填充工具变量中插补SNP的eaf：主要是调用1000基因组数据做的填充，与原暴露或结局中GWAS中SNP的eaf或有所不同，谨慎使用！

4.查找工具变量相关的混杂因素：这个主要是调用了[phenoscanner](http://www.phenoscanner.medschl.cam.ac.uk/)函数，但存在SNP在该数据库中找不到的情况，此种情况下，将默认无混杂因素.

安装和加载

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE))install.packages("remotes")
remotes::install_github("xiechengyong123/friendly2MR")
library(friendly2MR)

如果安装出现错误请参考具体的安装教程

使用链接

b站视屏链接

后续计划

• 模块：特色功能
• 模块：双样本单变量的MR分析（一键生成）
• 模块：双样本多变量的MR分析（一键生成）
• 模块：双向因果效应（一键生成）
• 模块：中介MR（一键生成）
• 模块：共定位
• 模块：计算PRS
• 模块：非线性孟德尔随机化
• 模块：GSMR分析功能
• 模块：药物靶点的孟德尔分析（SMR）
• 模块：SMR结合QTL分析
• 模块：添加TWAS（FUSION）分析功能

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微信： shengxinxiedaoren

更新日志:

1.添加了四个函数：分别是batch_ukbb_chrpos2rsID，clump_data_local，find_multiexposure_multioutcome_epigraphdb，gwasvcf2TwosampleMR_local；

batch_ukbb_chrpos2rsID：调用ukbb数据库的参考数据variants.tsv.gz对ukbb中的GWAS数据批量化进行SNP位点注释；

clump_data_local：调用ieugwasr包，在本地电脑进行去连锁不平衡，此功能可用于工具变量较多，在线进行clump时总是报错的情况；

find_multiexposure_multioutcome_epigraphdb：调用epigraphdb数据库的数据,对多个暴露和/或多个结局进行快速筛选；

gwasvcf2TwosampleMR_local：将从IEU官网下载到本地的gwasvcf文件转换为TwosampleMR的暴露或结局格式；

2.修改函数名称：原包中的find_anyexposur_outcome和find_exposur_anyoutcome函数名称进行更改：

find_anyexposur_outcome-->find_multiexposure_outcome;

find_exposur_anyoutcome-->find_exposure_multioutcome;

3.添加了函数和参数的注释，便于观众老爷们的理解。

关于该包的使用和安装问题欢迎大家来聊*(⑅˃◡˂⑅)

---------------------------------------------------2023年-4月-9日-------------------------------------------------------------