nikolaospapachristou/biol-109

Σημειώσεις, ασκήσεις και επιπλέον υλικό για το μάθημα ΒΙΟΛ-109 του τμήματος Βιολογίας Π.Κ.

ΒΙΟΛ-109. Χρήσεις του Η/Υ και Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων

Εδώ θα βρείτε σημείωσεις, ασκήσεις και επιπλέον υλικό για το μάθημα "Χρήσεις του Η/Υ και Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων" του Α' Εξαμήνου του τμήματος Βιολογίας τους Πανεπιστημίου Κρήτης.

Κάποιες πληροφορίες για το μάθημα μπορείτε να δείτε εδώ.

Διδάσκοντας

Αλέξανδρος Καντεράκης.

Επικοινωνία

Για την άμεση επικοινωνία τόσο με τον διδάσκοντα όσο και με τους συμφοιτητές σας, θα πρέπει να γραφτείτε στο κανάλι slack: biol-109.slack.com. Θα πρέπει να έχετε λάβει μέιλ με ένα invitation για να γραφτείτε, αν όχι, τότε στείλε mail.

Το μέιλ του διδάσκοντα είναι: [email protected]. Χρησιμοποιήστε το μόνο αν δεν μπορεί να γίνει η επικοινωνία μέσω slack.

Ώρες

• Τετάρτη 18:00 - 20:00
• Πέμπτη 18:00 - 20:00

Διαλέξεις

• Πέμπτη, 5 Νοεμβρίου 2020, Διάλεξη 1
• Πέμπτη, 12 Νοεμβρίου 2020 Διάλεξη 2
• Τετάρτη, 18 Νοεμβρίου 2020 Διάλεξη 3
• Πέμπτη, 19 Νοεμβρίου 2020
  • Διάλεξη 4, μέρος 1
  • Διάλεξη 4, μέρος 2
• Τετάρτη, 25 Νοεμβρίου 2020 Διάλεξη 5
• Πέμπτη, 26 Νοεμβρίου 2020 Διάλεξη 6
• Τετάρτη, 2 Δεκμβρίου 2020 Διάλεξη 7
• Πέμπτη, 3 Δεκεμβρίου 2020 Διάλεξη 8
• Τετάρτη, 9 Δεκεμβρίου 2020 Διάλεξη 9
• Πέμπτη, 10 Δεκεμβρίου 2020 Διάλεξη 10
• Τετάρτη, 23 Δεκεμβρίου 2020 Διάλεξη 13, παραδείγματα, PDF

Σημαντικό: Το υλικό των διαλέξεων αυτών βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στο βιβλίο Ανάλυση Δεδομένων με την R του Χριστόφορου Νικολάου. Παρόλο που οι διαλέξεις καλύπτουν όλη την ύλη του μαθήματος, συνίσταται στους φοιτητές να μελετήσουν τα αντίστοιχα κεφάλαια από αυτό το βιβλίο και να υλοποιήσουν τις ασκήσεις και τα παραδείγματα που έχει.

Τελική εξέταση

Η τελική εξέταση του μαθήματος θα γίνει στις 28 Ιανουαρίου 2020. Η εξέταση θα κρατήσει 2 ώρες. Η ώρα της εξέτασης θα είναι είτε 13:00 - 15:00, είτε 13:30 - 15:30, είτε 14:00 - 16:00 (θα ανακοινωθεί αργότερα). Η εξέταση θα γίνει με τον εξής τρόπο:

• Λίγες μέρες πριν την εξέταση θα σας σταλεί μία συνάρτηση στην R η οποία παίρνει ως παράμετρο έναν ακέραιο αριθμό. Η συνάρτηση επιστρέφει 10 τυχαίους αριθμούς από το 1 μέχρι το 100 χωρίς επανάληψη. Επίσης η συνάρτηση είναι έτσι φτιαγμένη ώστε αν της δώσετε τον ίδιο αριθμό ως παράμετρο, τότε θα επιστρέψει τους ίδιους τυχαίους αριθμούς.
• Την ώρα της εξέτασης θα σας δοθεί ένα link με ένα site στο Internet το οποίο θα έχει μία λίστα με 100 θέματα αριθμημένα από το 1 μέχρι το 100.
• Εσείς θα πρέπει να λύσετε τις 10 ασκήσεις που έβγαλε η συνάρτηση.
• Έχετε περιθώριο 2 ώρες.
• Τις λύσεις των ασκήσεων τις στέλνετε με μέιλ πριν τη διορία της εξέτασης στο [email protected].
• Στην αρχή του email ΠΡΕΠΕΙ να έχετε τον αριθμό μητρώου σας.
• Στη συνέχεια θα ακολουθούν οι λύσεις σας.
• Κάθε λύση θα αρχίζει με ένα σχόλιο (Δηλαδή μία γραμμή που ξεκινάει με #) που αναφέρει τον αριθμό της άσκησης που λύνετε. Για παράδειγμα:

# Askhsh 56

for (i in 1:10) {
	print (i)
}

Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε και ελληνικά για να γράψετε ποια άσκηση λύνετε (π.χ. # άσκηση 56) ή και... τίποτα (π.χ # 56).

• Ασκήσεις που δεν είναι ξεκάθαρος ο αριθμός τους, ΔΕΝ διορθώνονται και δεν βαθμολογούνται.
• Mails με απαντήσεις που δεν έχουν αριθμό μητρώου στην αρχή ΔΕΝ διορθώνονται και δεν βαθμολογούνται.
• Όλες οι ασκήσεις είναι βαθμολογικά ισοδύναμες.

Αντιγραφές

• Αν εντοπιστούν αντιγραφές μηδενίζονται όλες οι ασκήσεις που είναι ίδιες. Δεν έχει σημασία ποιος αντέγραψε από ποιον. Μηδενίζονται και οι 2.
• Προειδοποίηση: Η ανίχνευση αντιγραφών είναι πιο εύκολη από όσο νομίζετε.. Κάνω αυτή τη δουλειά 20 χρόνια. Αναγνωρίζω καλύτερα κώδικα από ότι πρόσωπα. Μπορώ να ανιχνεύσω παρόμοιο κώδικα ακόμα και αν η αποστολή τους διαφέρει.. χρόνια
• Η αλλαγή ονομάτων μεταβλητών (και άλλα τέτοια κόλπα) είναι εξαιρετικά εύκολο να ανιχνευτεί. Θεωρώ ότι σας έχω προειδοποιήσει.
• Αν θεωρήσετε ότι ο μηδενισμός ήταν άδικος μπορείτε να επικοινωνήσετε μαζί μου να το εξετάσουμε. Σε.. εξαιρετικές περιπτώσεις διχογνωμίας μπορούμε να κανονίσουμε μία κατιδίαν εξέταση με zoom με νέα θέματα.
• Οι λύσεις κρίνονται με βαση το αποτέλεσμα (να δίνουν σωστή απάντηση), και όχι τόσο την υλοποίηση. Αν η υλοποίησή σας δίνει σωστό αποτέλεσμα αλλά με τελείως ανορθόδοξο τρόπο τότε θα πάρετε 9/10. Συνήθως οι λύσεις που κάνουν.. μπαμ ότι είναι αντιγραφή ανήκουν σε αυτό το ειδος: Παρόμοιες λύσεις που είναι λίγο αλλαγμένες, δίνουν το σωστό αποτέλεσμα αλλά με κάπως ανορθόδοξο τρόπο. Λύσεις δηλαδή που είναι εξαιρετικά απίθανο να τις σκέφτηκαν ανεξάρτητα 2 άνθρωποι.

Πως βαθμολογείται μία άσκηση

Για κάθε άσκηση παίρνετε βαθμό: από 1 μέχρι 10. Όλες οι ερωτήσεις/ασκήσεις θεωρούνται ισοδύναμες.

1. Η άσκηση βγάζει λάθος αποτέλεσμα και κάποια ψήγματα υλοποίησης έχουν γίνει.
2. Η άσκηση βγάζει λάθος αποτέλεσμα αλλά έχει υλοποιηθεί ένα μικρό κομμάτι της λύσης.
3. Η άσκηση βγάζει λάθος αποτέλεσμα αλλά έχει υλοποιηθεί ένα σημαντικό κομμάτι της λύσης.
4. Η άσκηση βγάζει λάθος αποτελέσματα λόγω πολύ σημαντικών λαθών στη λογική.
5. Η άσκηση βγάζει λάθος αποτέλεσμα λογω λαθών στη λογική
6. Η άσκηση βγάζει λάθος αποτέλεσμα λόγω μικρών λαθών στη λογική.
7. H άσκηση βγάζει σωστό αποτέλεσμα, αλλά όχι για όλα τα πιθανά σενάρια/inputs.
8. Η άσκηση βγάζει σωστό αποτέλεσμα, αλλά η λογική σας έχει κάποιο λάθος (συμβαίνει πολλές φορές..).
9. Η άσκηση βγάζει σωστό αποτέλεσμα, αλλά υπάρχει μία προφανής πιο γρήγορη/σύντομη λύση.
10. Η άσκηση είναι αλάνθαστη. Μπράβο!

Ασκήσεις

Γενικές

Πηγή

1. Write a R program to create a sequence of numbers from 20 to 50 and find the mean of numbers from 20 to 60 and sum of numbers from 51 to 91
2. Write a R program to create a vector which contains 10 random integer values between -50 and +50.
3. Write a R program to get the first 10 Fibonacci numbers.
4. Write a R program to get all prime numbers up to a given number
5. Write a R program to print the numbers from 1 to 100 and print "Fizz" for multiples of 3, print "Buzz" for multiples of 5, and print "FizzBuzz" for multiples of both.
6. Write a R program to find the factors of a given number.
7. Write a R program to find the maximum and the minimum value of a given vector.
8. Write a R program to get the unique elements of a given string and unique numbers of vector. <-- ΠΟΛΥ ΚΑΛΗ!
9. Write a R program to create three vectors a,b,c with 3 integers. Combine the three vectors to become a 3×3 matrix where each column represents a vector. Print the content of the matrix
10. Write a R program to compute sum, mean and product of a given vector elements.

Λίστες (Lists)

πηγή

1. Write a R program to create a list containing strings, numbers, vectors and a logical values.
2. Write a R program to list containing a vector, a matrix and a list and give names to the elements in the list.
3. Write a R program to create a list containing a vector, a matrix and a list and give names to the elements in the list. Access the first and second element of the list.
4. Write a R program to create a list containing a vector, a matrix and a list and add element at the end of the list.
5. Write a R program to select second element of a given nested list.
6. Write a R program to create a list containing a vector, a matrix and a list and remove the second element.
7. Write a R program to create a list containing a vector, a matrix and a list and update the last element.
8. Write a R program to merge two given lists into one list.
9. Write a R program to convert a given list to vector
10. Write a R program to count number of objects in a given list
11. Write a R program to Add 10 to each element of the first vector in a given list
12. Write a R program to extract all elements except the third element of the first vector of a given list.
13. Write a R program to add a new item g4 = "Python" to a given list.
14. Write a R program to assign new names "a", "b" and "c" to the elements of a given list.
15. Write a R program to get the length of the first two vectors of a given list.
16. Write a R program to find all elements of a given list that are not in another given list.

Πίνακες (matrices):

πηγή

1. Write a R program to access the element at 3rd column and 2nd row, only the 3rd row and only the 4th column of a given matrix
2. Write a R program to create two 2x3 matrix and add, subtract, multiply and divide the matrixes.
3. Write a R program to find row and column index of maximum and minimum value in a given matrix
4. Write a R program to concatenate two given matrices of same column but different rows.