pem-humboldt/biomodelos-scrum

Just for project management

Programa de Evaluación y Monitoreo de la biodiversidad

Diseña, implementa y da realimentación sobre metodologías para la evaluación y monitoreo de la biodiversidad, a través de la recolección, integración, análisis, interpretación y divulgación de datos propios o producto de la articulación con otros actores, para sintetizar y posicionar conocimiento sobre el estado y tendencias de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos en Colombia, de manera incidente y oportuna. Así mismo, almacena, estructura y analiza, por medio de un enfoque transdisciplinario que incluye aproximaciones estadísticas, matemáticas y socioeconómicas, los datos e información obtenidos por Colecciones Biológicas y los programas de Ciencias Básicas y Ciencias Sociales.

biomodelos-scrum's Issues

Definir campos a mostrar en nueva caja registro y lógica en la edición.

Realizar reunión donde queden definidos los campos que estarán en la caja de registro (edición y reporte) al igual que la lógica a seguir cuando se efectúe el proceso de edición de un registro.

Thumbnail para mapas

Identificar el enlace que se debe emplear para generar los thumbnails de los modelos regionalizados

Update API Backend docs

Update API Backend documentation for deployment.

Comments
https://docs.google.com/document/d/1NfwIeOikkgtj0ZfvorOdbBlLx9RgEyPBzfu12-Wm4iw/edit?usp=sharing

Revisión diccionario de datos colección "modelos"

Revisión de problemas de registros en colecciones Species y Records

Utilizar los backup de la base de datos para identificar los siguientes problemas:

• Especies que tienen registros de observación pero no tienen un registro en la colección species.
• Especies con taxID duplicado y acceptedNameUsage diferente.
• Conjunto de datos Murciélagos, Flora de Páramo y Mamíferos.

Cargar Capas de Mangales

Disponer en GeoServer de BioModelos la capa de manglares para que sea consumida como un servicio WMS.

Revisar tags de categorías

Para la colección modelos: opciones válidas

Cargar registros de modelo

Migrar BioModelos del servidor .78 al servidor .42

Para realizar la migración de BioModelos a un nuevo servidor se requiere seguir el siguiente proceso:

1. Restablecer el acceso al servidor 11.42 para hacer revisión de contenido.
2. Realizar el Backup del contenido del servidor 11.42
3. Formatear el servidor 11.42 e instalar la última versión de CentOS.
4. Instalar Docker.
5. Migrar contenido de BioModelos del servidor 11.78 al 11.42 y desplegar contenedor.
6. Realizar pruebas funcionales del aplicativo en general.
7. Cambiar IP a la que apunta el dominio biomodelos.humboldt.org.co

Revisión de endpoints de models

Revisar el estado, organización y documentación de los endpoints de models. Los ajustes necesarios después de esta revisión se deben estimar en una nueva tarea.

Revisión colección 'models'

Cartografía Base: SubZonas

Cargar en GeoServer de BioModelos (192.168.11.58:8181) una capa que represente las subzonas hidrográficas, para ser invocado desde un servicio WMS.

Definir nombres de almacén en G.S.

Y de capas Raster 'models'

Correción a records de 21 especies

Luego de la revisión realizada por @heleolaya se identificaron 21 especies con varios documentos en la colección records que deben ser ajustados.
El resultado esperado de esta tarea es dejar ajustados los records/species de las 21 especies con base a las observaciones indicadas en el excel:
resultados última validación species(1).xlsx
Y la generación de un backup dónde figuren los cambios realizados.

Publicar release con los cambios efectuados en el Sprint 8

Revisar diccionario de datos: colección "records"

Revisión de caja de registros

Revisar cómo funciona la caja de edición de registro y cómo se puede hacer para validar los campos antes de enviar al backend la petición de actualizarlos.

Nota:
Apoyarse en el formulatio de contacto, de publicación de modelo y de registro (este último usa una gema para las validaciones)

Pentaho Cómo Servicio

Verificar de qué manera se puede configurar la herramienta de ETLs Pentaho Data Integrator cómo un servicio, para implementar de manera centralizada un prevalidador de los tipos de campos y campos enviados a los script de R

Instalación y configuración de GeoServer

Configuraciones en gateway para el servicio de geoserver

Agregar los scopes y endpoints necesarios en el gateway para comunicar con geoserver. Es probable que sea necesario evaluar la creación de otro servicio para armar las url.

Cargar mapas regionalizados

[Spike] Método de seguridad a implementar para abrir el API al público.

Revisar los diferentes métodos que se podrían aplicar al API de BioModelos para algunos de sus endpoints a terceros.

Permisos GeoServer

Verificar de qué manera se pueden implementar permisos de visualización en las capas de GeoServer de modo homologado con la lógica del aplicativo.

Consulta de especie en home

Revisar la consulta para la especie Saguinus leucopus, ya que al consultarla está presentando un comportamiento inusual.

SUPER USUARIO

Modificar campo para ruta en modelo

Revisión de endpoints de 'records'

Revisar el estado, organización y documentación de los endpoints de records. Los ajustes necesarios después de esta revisión se deben estimar en una nueva tarea.

Configurar servicios para disponer WCS o WMS

Complementar descarga de geotiff con metadatos

Cómo resultado de esta tarea se espera poder determinar:

1. Cómo se genera el link de descarga para un geotiff cargado en geoserver.
2. Cómo se incluye información de metadatos a la descarga.

Depurar listado de especies del grupo Mamiferos

• Base de datos relacional

Actualizar records para 21 especies

Se deben actualizar los registros según las observaciones realizadas por @heleolaya en el excel:
Resultados última validación species(1).xls

El resultado esperado es la actualización en los registros y un backup en la máquina 192.168.11.105 de la base de datos que contenga los cambios realizados a la colección records.

Solicitar recursos de servidor

Cargar Modelos acordados

Cargar los modelos validados de zamias, aves y primates a GeoServer de BioModelos

Empaquetar en R Carga de Modelos

Desarrollar en R un programa para cargar mediante FTP el archivo raster, y luego ejecute los llamados al API de GeoServer, las instrucciones para disponerlo, asociado a un almacen de datos (por taxid) y a un nombre de modelo.

Geoserver v2.11 Vs v2.16

Revisar la versión 2.16 que figura cómo la última en la página oficial de GeoServer para optar por la actualización del GeoServer que se encuentra instalado bajo la versión 2.11.

Generar rutina para cargar ID de registros a un modelo

Esto con el fin de asociar los registros que fueron usados para construir un modelo

Plantilla BPM

Generar una plantilla BPM compartida en Draw.io para representar el proceso de carga de especies y records.

Revisión de endpoints de 'models'

Revisar la estructura e implementación de los endpoints de 'models'. Como resultado, crear una tarea con los cambios a aplicar para mejorar éstos endpoints.

Spike: Como proteger un API público

• Realizar las pruebas necesarias

Desarrollo de ETLs para operaciones comunes en la base de datos relacional de BioModelos

Por el momento se crearían los siguientes procesos de ETL para que los pueda manejar @heleolaya:

• Agregar especie a grupo. (Hay que tener en cuenta que una especie sólo puede pertenecer a un grupo).
• Cambiar valor de campo booleano is_admin para un usuario de grupo.

Revisión de endpoints de 'records'

Revisar la estructura e implementación de los endpoints de 'records'. Como resultado, crear una tarea con los cambios a aplicar para mejorar estos endpoints.

[Spike] Revisar raster vs postgis

Modificación atributos en colección "records"

Spike tres formatos de almacenamiento

Por solicitud de @elkalexno se debe verificar y comprar la calidad de la representación y tamaño de los archivos resultantes para los modelos regionalizados, entre: Raster, vectorial y vectorial simplificado.

Cómo resultado se debe conceptuar sobre cual sería la mejor opción u opciones para desplegar dicha información.

Actualizar nuevos campos en colección "models"

Calcular los valores de los nuevos campos en la colección models.

Generar modelos regionalizados y metadatos

Desplegar cambios del ordenamiento alfabetico de las especies en los grupos

Actualizar el backend y el frontend con la versión actual de develop (back, front).

Para esto, actualizar la rama de master de ambos repositorios y desplegar master

Deploy BioModelos Front-End

Deploy BioModelos Front-End locally following the docs and using a Test API Backend already deployed.

Seleccionar tareas prioritarias a realizar para asegurar el API

Teniendo en cuenta las recomendaciones de los enlaces mencionados en la tarea [Spike] Método de seguridad a implementar para abrir el API al público.. Listar los más prioritarios / urgentes / importantes a implementar

Subida y validación de registros de observación para modelatones de Julio y Agosto