punicagranatuml/abc

a

get_mVISTA_annotation_file_from_genbank

用于修改genbank文件获得mVISTA作图的注释文件的python脚本

• 使用方法

python get_mVISTA_annotation_file_from_genbank_1.py -i input_genbank.gb

download_gb_or_fa_from_NCBI_cp_genome_database_1.py

NCBI批量下载序列,需要填写自己的邮箱

• 使用方法

python download_gb_or_fa_from_NCBI_cp_genome_database_1 -f gb/fasta -a assession.number

select_seq_according_to_seq_length.py

选择fasta文件中序列长度大于某一值的序列

• 使用方法

python select_seq_according_to_seq_length.py input.fa 200 output.fasta

batch_convert_nex_to_fasta.py

• 使用方法 将需要转化的nexus格式文件放到input_nexus文件夹中，然后运行脚本

python .\batch_convert_nex_to_fasta.py .\input_nexus\ output_fasta

fasta结果文件将会保存在 output_fasta文件夹中

ROUSFinder2.py

这个脚本来源于论文Repeats of Unusual Size in Plant Mitochondrial Genomes: Identification, Incidence and Evolution 使用方法 python2 ROUSFinder2.py MH645952.fna 脚本是使用python2写的 使用这个脚本的前提是blastn安装到了/user/bin目录下， 如果没有可以通过-b参数指定blastn的路径 这么说的话可能只能在linux系统下使用 默认最小长度是50,可以通过-m参数来修改