swsoyee/2019-ncov-japan

🦠 Interactive dashboard for real-time recording of COVID-19 outbreak in Japan

Tech

Products

• 🦠 COVID-19 BULLETIN BOARD: Interactive dashboard for real-time recording of COVID-19 outbreak in Japan
  
• 📊 TCC-GUI: Graphical User Interface for TCC package
  
• 🧬 r3dmol: Create Interactive 3D Visualizations of Molecular Data
  
• 📰 pagemap: Quickly and easily add a mini map to web page
  
• ✨ highlighjs-spl: highlight.js syntax definition for the Splunk search processing language (SPL)
  
• 🧰 PSN 中文网功能增强插件: Extension for improving the UX of PSNINE
  
• 🕶️ PSN 中文网夜间模式: Dark mode for PSNINE
  
• 🕶️ 网易云音乐夜间模式: Dark mode for NetEase Music
  

2019-ncov-japan's Issues

lintrの導入およびコードの整理

1. lintrファイルの設定
2. VScodeで開発を可能にする
3. camelcaseからsnake_caseに移行
4. コードの行の長さ修正
5. CIにlintrを追加する
6. 各メゾットにDocsを追加する

毎日発表される新規数は前日の数字なんですか？

毎日発表される新規数は前日の0時〜２４時の数字なんですか？もしくは当時の０時〜発表する時点の数字なんですか？

Aboutページを追加する

追加必要な項目

• Special Thanks
• Github Link
• Disclaimer

宮城県のページを作る

元のソース：https://miyagi.stopcovid19.jp/

关于国内事例数据不合问题

根据厚劳省数据（2020·2·17）
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09571.html

第2部分【国内の発生状況について】之记录，PCR阳性人数合计59人，与目前已掌握的数据（54人）存在差距。其**内事例46例，包机归国13例。

该日报告中，除去撤侨患者后国内事例有38 例（见【国内事例（チャーター便帰国者を除く】）,添加厚生省检疫官员1名后，合计为39人；

另外在【水際対策で確認された事例：武漢市からのチャーター便帰国者に係る発生状況】的（*2）注明另外有4名无症状患者，**应当纳入总数（此处与包机归国例13人之数据吻合）。
以上共计52人。

国内事例尚且有7人不明。目前正在通过浏览houdou.csv逐一排查。

————————————
根据对houdou.csv的报道逐一阅览，现发现
1，厚劳省关于国内感染第37例的记录并未刊载在 2·17的汇总中，望注意。（见 https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09541.html ） 该名男子系搬运“钻石公主”号邮轮的职员。当归纳于神奈川县案例。

2,2·13日东京都通报7名阳性患者，似亦未刊载在2·17的汇总中。

3，2·12日通报“钻石公主号”1名登船检疫官员感染，似亦未刊载在2·17的汇总中。

（1,3，已经纳入统计，但不见2月13日东京都的情况）故此合计59人。与总体阳性人数吻合。
当前网站统计的54人可能存在漏记或者某案例重复统计之可能。

——————————————
关于重复统计，你可能将houdou.csv中的告示视作感染通报处理了，例如id42并非病例通报却标记有pre以及resident。

关于2月18日的数据和项目统计数据的一致性问题

根据2月18日最新报告
新型コロナウイルスに関連した患者の発生について（54～59例目）

中提到

今回の公表で国内感染者は73名（患者59例、無症状病原体保有者14名）となります。

项目统计为60+13=73，但是是计算了上述报告中缺少的一例神奈川的数据才相等的，因此与官方数据存在少1人的误差，希望能帮忙调查一下 @dalaoshi-huster

再び陽性患者（または都道府県罹患者番号を二つ持っている患者）の洗い出し

1. 都道府県では、再び陽性の患者は2回計算されます（都道府県の罹患者番号は延べ人数の番号になります）。
2. 一部のメディアも、時々実人数で集計したら、別の日に（誤って）実人数で集計しているケースがあります。データ的には混在しています。
3. データの正確さを保つため、こういう集計が必ず必要となります。

18日 东京都以及爱知县新增病例

疫情-2月18日.xlsx

how to run this source code ?

Dataset in CoronaWhy Dataverse

Hello,Your dataset was added to CoronaWhy (https://www.coronawhy.org/) Data Lake on Dataverse  as a piece of common COVID-19 dataframe https://datasets.coronawhy.org/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.5072/FK2/A20BEO?

Would you be willing to help with maintenance of your dataset in Dataverse, e.g. adding the relevant metadata and keeping the dataset up-to-date? That will help to make the dataset findable and accessible for medical science community.

Docker開発環境

#33 (comment) とも関連。

開発環境としてのDockerイメージは何か使われているのがあるのでしょうか。

感染者テーブルのソート不具合

• 都道府県のソートにはJISコードにソートすべき（DT周りの設定調査）#83
• 感染者数のソートには数値型のソート方法に使うべき（今はStringになっています） #82
• 感染推移のソートは変（ソート必要がある？どういう順番でソートすべき？）

summary.csvデータの縦と横を交換する

• 1. summary.csvの日付項目をRowにする
• 2. 必要なコードも修正する

データの手動更新から自動更新へ

試行フェーズ

1. 朝8時から12時まで45分ごとに一回スクレイピングしてdataFetchTestに対してPRを出す（差分があればPRを出す、なければスキップ）。12時からよるの0時までは15分ごとにスクレイピングしてPRを出す。
2. マージされたらGithub ActionでCreateTable.Rを走らせて、作成されたファイルを自動コミットする。
3. Github Actionが実行終わった後にCIを走らせ、Deployする。

まずは、dataFetchTestで1と2のテストをして、piplineが問題なければ、そのpiplelineをdevブランチでテストする（3のテストをするため）。

@Bob-FU @emc-kk @uribo お邪魔してすみません、この部分に関しては自分は知見ゼロですので、多分みなさんの協力が必要と思います。よろしくお願いします。

統計表に旧番号が重複など

• 最後のまとめ表に厚労省の旧番号が重複しています。データの読み取りに支障があります。
  　

• まとめ表に千葉県のデータと厚労省が２０２０・２・１７　に更新したデータと不一致があります。新番号の5号ケースは**武漢市在住のはずです。

ご参考までに

疑问待核对

20200218 厚生省公布的第59号爱知县60代男性病例
是否为已统计的20200217第53号病例
从爱知县自己公布的病例中核对不到，或者因为均为60代男性（**地方编号有差别我没找准）
核心争议到底是17日确诊入院还是18日确诊入院（链接3与前两个有出入）
链接1:厚生省数据
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09609.html
链接2:厚生省网站附件的爱知县数据报告
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000597568.pdf
链接3:根据报告来源（爱知县政府健康政策课公告）
https://www.pref.aichi.jp/soshiki/kenkotaisaku/pressrelease-ncov200217.html

My Visualization of Community Mobility Reports

source: https://www.google.com/covid19/mobility/

About updating 50_Data

Did you stop updating 50_Data/domesticDailyReport.csv and 50_Data/positiveDetail.csv?

県ごとの統計テーブルに設定追加し、クルーズ船およびチャーター便のデータを非表示できるように

现在由于船的数据问题大量挤压其他地区的数据导致条形图较为难看，因此追加该功能。

データのズレのチェックについて

JX通信社の集計と比べてみると

• ４月１６日１名より少ない。see 74847f3
• ４月２２日１名より少ない。 see 2000d68

しかし、合計値が合っている。どこかおかしい。

都道府県の単位を揃えて欲しい

下記のCSV以外にもありますが、”東京” → “東京都” “大阪” => ”大阪府” のように都道府県の単位を揃えて頂けませんか？

https://github.com/swsoyee/2019-ncov-japan/blob/340afb8ac1ce0379292dd9fbf6c4749fe29010fd/Data/byDate.csv

PCR検査実施人数の追跡について

新型コロナウイルス感染症の現在の状況と厚生労働省の対応について（令和２年XX月XX日版）
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09571.html

から、PCR検査実施人数の変動状況を追跡する

参考は：https://github.com/swsoyee/2019-ncov-japan/blob/master/Data/recovered.csv

モバイルデバイスの表示の修正

今のLayoutでは、モバイルデバイスで見ると、画像の方がみにくいになっています。

• Layoutを再設計
• プロットシステムの変更により、修正できるかも？ #3

Open Source Helps!

Thanks for your work to help the people in need! Your site has been added! I currently maintain the OpenSourceWuhan page, which collects all open source projects related to COVID-19, including maps, data, news, api, analysis, medical and supply information, etc. Please share to anyone who might need the information in the list, or will possibly contribute to some of those projects. You are also welcome to recommend more projects.

https://weileizeng.github.io/OpenSourceWuhan/world

Cheers!

個人用メモ：開発環境をRStudioからVSCodeへの移行

RStudioでは開発は便利だが、ファイルの切り替えやJump to、リファクタリングなどちょっと不便と思うので、VSCodeで色々やれるのかを試します。

• VSCodeでRコードの実行
• 自分が設定した.lintrがVSCodeにも使えるように
• VSCodeでShinyアプリを起動できるように

都道府県感染者表にグルーピングを追加

1. 北海道・東北
2. 関東・甲信越
3. 東海・北陸
4. 近畿
5. **
6. 四国
7. 九州・沖縄
8. 他（クルーズ船・チャーター便も表示載せる？検疫の一つだけだとしょんぼり）

上記の分類を破棄

---

八地方区分を採用する
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E3%81%AE%E5%9C%B0%E5%9F%9F

クルーズ船・とチャーター便が文字数が長いので、表に入れないにする。

05-15の新規PCR検査数マイナスはなぜでしょうか？

プロットシステムをPloltyからEcharts4rに変更

Echarts4rがよりきれいな図を作成できるっぽいので、そちらに切り替える予定

【フェーズ１】秋田県ページ作成

連続新規なし日数もしくは、最後感染確認された日を追加

できますか？

想咨询一下您关于2.4日的数据

在2.4日您添加了3例新闻，分别为《2020-02-04 与新型冠状病毒有关的肺炎暴发（第17例）》《2020-02-04 新发冠状病毒伴发的肺炎患者暴发（第18例）》《2020-02-04 新型冠状病毒伴发的肺炎患者暴发
（第19例）》，可是您的感染人数变化表2.4日新增为2人。是不是出现错误了呢？

SIGNATEデータ構造変更によるクラスター図の対応

やれやれだぜ、また書き直しかよ😭

SARS-CoV-2のゲノム系統樹分析について

日本分离并且组装了5条全基因组序列，打算将现有全基因组做进化树分析，分析日本分离的这几条序列的变异和来源情况。

NCBI页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

主要是出张图和做点简单说明就可以了，不发表论文其实还好不用做十分深度的分析。
如果出的树状图是用交互绘图系统（Plotly等）绘制的最好，实在有困难可以先ggtree的也OK，先出图再说

【フェーズ１】茨城県ページ作成

修正待つ：a01sa01to/covid19-ibaraki#28

都道府県土地面積ごとの感染者数の算出

【フェーズ１】各都道府県のページ作成

• 北海道
• 青森
• 岩手
• 宮城 #60
• 秋田
• 山形
• 福島
• 茨城 #64
• 栃木
• 群馬
• 埼玉
• 千葉
• 東京
• 神奈川
• 新潟
• 富山
• 石川
• 福井
• 山梨
• 長野
• 岐阜
• 静岡
• 愛知
• 三重
• 滋賀
• 京都
• 大阪
• 兵庫
• 奈良
• 和歌山
• 鳥取
• 島根
• 岡山
• 広島
• 山口
• 徳島
• 香川
• 愛媛
• 高知
• 福岡
• 佐賀
• 長崎
• 熊本
• 大分
• 宮崎
• 鹿児島
• 沖縄
• [ ]

关于进度的确认

@penneyy 以及我在试图跟上今天即将出炉的进度，不过目前不清楚 @swsoyee 的信息整理到达哪一个阶段，为了避免重复劳动，特此询问。

以及出现NHK等大型媒体的报道比厚生省更加速度快，且信息更丰富的情况，是否采用媒体信息？

Github Actionsによるデータ更新の導入相談について

初期化でコミットメッセージを検索すると毎日 Data/result.map.csvを更新されているようですね。

https://github.com/swsoyee/2019-ncov-japan/search?q=初期化&type=Commits

GitHub Actions等を使った自動化が検討できないでしょうか。
作業負担の軽減になると思います。
（他にも自動化できそうな場所があれば）

参考

• R向けテンプレートと例 https://github.com/r-lib/actions
• 定時実行の例（最近失敗しています...） https://github.com/uribo/japan-covid19/actions

厚労省の発表基準の変更による大規模な改修作業

各都道府県の状況のテーブル一覧の都道府県をクリックすると詳細ページに行く

サイドバーの自治体状況には北海道青森岩手宮城茨城神奈川しかないですが。

感染者テーブルに残り列を追加

↑の感染者数の隣に残り人数の列を追加

about 症状程度的表示

厚生省在2月17日公开了当前收治患者的症状表现，比较详细，相信今后会有类似数据继续出炉。
建议按照丁香园对**新冠肺炎患者数据的统计，以A 黄色作为疑似（隔离人数？）人数，
B棕色为确诊人数，
C绿色为痊愈人数，
D红色为需要借助人工插管或者进入ICU监护的重症or危重（重篤状態）的人数，
E黑色为死亡人数，
大致分为五类,方便用户迅速了解疫情。
例如2月17日数据 (クルーズ船を除く)（见 https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09571.html ）可以分为：
PCR陽性:59
完治退院：19
重症：3
死亡：1

鉴于信息不充分，尚且难以掌握疑似病例人数。可否以正在健康观察中人数代替？

コードに書いた文言を全部lang.csvに整理しておく

もしどなたが整理していただければ嬉しい🙇🏻‍♂️

感染者情報収集

都道府県感染者表にランキングカラムを追加

テーブルの一番左の数字に情報量を持たせたい。都道府県番号からランキングにする。

多言語設定機能の追加

• 全ての文言を整理し、lang.csvにまとめる。
• 多言語Switch機能を追加する。

Japan Data

Hello and congrats for your work!
I followed your presentation at the CovidR contest, where I presented the COVID-19 Data Hub.
Our project misses the data for Japan and I would love if you could join us and improve our project with your data: https://github.com/covid19datahub/COVID19/

Of course, feel free to close the issue if not interesting for you.
All the best,
-- Emanuele

【フェーズ１】青森県の公開データのAPIが消える件の対応

除无症状患者外的统计结果（基于2.17日厚生省统计结果）

根据《新型コロナウイルス感染症の現在の状況と厚生労働省の対応について（令和２年２月17日版）》

国内合计检查阳性人数59人，其中无症状12人（但是我没有找到无症状患者的具体地点等数据）
剩余47人中，9例为チャーター便，38例为国内发生

1. 我对这47人进行了基于入院地点的统计。其中チャーター便7例入院地点不明。
   （详情请看表格的《各地统计》）

2. 我对《国内发生状况》的编号进行了修正和备注

Revised English translation

Methods of Text Revision

1. All (Not complete at the moment, pending a late correction and addition) text content is saved in translation.json file.
2. You need to revise the English text in the translation.json file.
3. Just correct them, commit and create a PR to master branch.