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An open source bioinformatics modules in python written by members of CNU-Bioinformatics-Laboratory
bioinformatics_python_modules's Introduction
- get_fasta_dict #处理fasta格式文件
- multiple_replace #对一个字符串的多个字符同时做替换
- analyse_interposcan_result #分析interproscan后的文件
- get_web_content #获取网页源文件,就是模仿浏览器的爬虫
- find_gene_position #查找指定区域是否在基因内以及上下游的基因
- heatmap #用matplotlib以DataFrame画热基图
- figure_to_array #将图片转换成一个三维数组
- send_email.py #用python发邮件
- figure_segmentation #图片切割
- getORF #最长开放阅读框
- repeats_sequence #指定长度序列的重复个数
- denoise #将矩阵中零散的点清除
- stack_count #计算矩阵中非1点的堆数(上下相连)
- cosine #计算夹角余弦
- multiprocessing_multithreading #多进程多线程简单用法
- mymkdir #新建文件夹,如已存在可选择是否删除原文件夹
- dict_order #字典键值排序
- ProgressBar #进度条
- domain_to_ip #域名转IP
- ip_information #获取IP地址的详细信息
- link_cluster #连接对聚类
- youdao_tanslate_api #有道翻译API
- PrintColor #linux输出带颜色的字体
- Endput #最后一行不换行
- WaveSteam #音频流
- NonlinearRegression #非线性回归拟合
- ndarray_recursion #多维数组转成字符串
- reverse_strand #DNA互补链
- sizeof_fmt #格式化文件大小
- kzz #可转债