Executando seu programa passando o conteúdo de um arquivo pela entrada padrão:
java MeuPrograma < arquivo.txt
Redirecionando a saída de um programa java para um arquivo:
java MeuPrograma > saida.txt
Executando o script de plot (a saída vai ser gerada no mesmo diretório). Depois do arquivo .R, você deve passar o caminho para a saída do seu programa, como no exemplo:
RScript plot.R ../../data/sort.data