LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对(alignments)进行可视化的工具,包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式,包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果,以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格,自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺,自定义绘图布局、绘制基因结构等功能。
LINKVIEW 的命令行工具。
DNA序列比对结果 可视化展示工具
LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对(alignments)进行可视化的工具,包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式,包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果,以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格,自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺,自定义绘图布局、绘制基因结构等功能。
LINKVIEW 的命令行工具。
在alignment文件中[color:opacity]是生效的:
seq1 start1 end1 seq2 start2 end2 [color:opacity]
ctg2 121 150 ctg1 121 150 yellow:0.2
但在highlight文件中指定透明度是没有作用的,甚至会全显示成黑色:
ctg2 121 150 yellow:0.2
如使用:
ctg2 121 150 yellow
则正常显示为黄色
也在您提供的GUI中进行了尝试,是同样的结果。
感谢作者大大的开源精神!本人在使用中也有很不错的体验!如果能在后续版本中添加一些功能就更完美了。。。
上述建议只是本人的一点小小看法,相比大多数可视化工具来说,该软件已经做的非常优异!祝作者再创佳绩!
请问:
LINKVIEW2自动输出的svg怎么转换成高dpi的png,或者默认的dpi是多少?
感谢作者的开源!
如题
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