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DNA序列比对结果 可视化展示工具

LINKVIEW2 是什么

LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对（alignments）进行可视化的工具，包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式，包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果，以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格，自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺，自定义绘图布局、绘制基因结构等功能。

LINKVIEW-CLI

LINKVIEW 的命令行工具。

使用手册

参数文档

LINKVIEW-GUI

LINVKIEW2 的图形化界面

linkview2's Issues

在highlight文件中指定颜色透明度参数不起作用

在alignment文件中[color:opacity]是生效的：
seq1 start1 end1 seq2 start2 end2 [color:opacity]
ctg2 121 150 ctg1 121 150 yellow:0.2
但在highlight文件中指定透明度是没有作用的，甚至会全显示成黑色：
ctg2 121 150 yellow:0.2
如使用：
ctg2 121 150 yellow
则正常显示为黄色
也在您提供的GUI中进行了尝试，是同样的结果。

新功能建议

感谢作者大大的开源精神！本人在使用中也有很不错的体验！如果能在后续版本中添加一些功能就更完美了。。。

1. 根据匹配赋予的颜色分配图例。 根据示例我构建了alignment文件，并在每一行后对正向匹配赋予灰色，而反向匹配赋予红色，我想如果能根据这些颜色分配图例，就能让阅读者清楚的知道线条的意思。
2. 由常规方法blast，minima2，nucmer自动生成的文件也能根据区段匹配的特性分配固定的颜色，不知道是否更加便捷？
   3.指定的高亮区域能否展示文本信息？也即在hightlight文件后添加一列文本展示信息！

上述建议只是本人的一点小小看法，相比大多数可视化工具来说，该软件已经做的非常优异！祝作者再创佳绩！

dpi

请问：
LINKVIEW2自动输出的svg怎么转换成高dpi的png，或者默认的dpi是多少？

LINKVIEW2 支持 MUMMER吗

感谢作者的开源！
如题