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基于医药知识图谱的智能问答系统

基于医药知识图谱的智能问答系统

• 这是一个基于Python模块REfO实现的知识库问答初级系统. 该问答系统可以解析输入的自然语言问句生成 SPARQL 查询，进一步请求后台基于TDB知识库的Apache Jena Fuseki 服务, 进而得到问题的结果。
• 提供疾病症状、疾病用药、药品查询等功能。
• demo演示

需要环境

• python3.5.2开发环境
  • 安装jieba中文分词组件
  • 安装sparqlwrapper，python与Apache Jena Fuseki服务的交互组件
  • Django，Web应用框架，用于交互展示
• Apache Jena，是一个开源的Java语义网框架（open source Semantic Web Framework for Java），用于构建语义网和链接数据应用
  • apache-jena-fuseki，开启Apache Jena Fuseki 服务
• Java环境，Apache Jena需要在Java环境下运行
• 数据
  • TDB药品疾病知识库

怎么运行

• 下载TDB药品疾病知识库数据 & clone项目代码
• 开启Apache Jena Fuseki 服务
  • 将TDB数据和Apache Jena Fuseki放在同一个目录下。
  • 进入Apache Jena Fuseki文件夹，运行fuseki-server.bat，然后退出。程序为我们在当前目录自动创建“run”文件夹
  • 将项目代码apache_configuration文件夹下的kgdrug.tll和rules.tll文件移动到“run”文件夹下。
    • kgdrug.tll：知识库本体文件
    • rules.tll：规则推理配置文件
  • 将项目代码apache_configuration文件夹下的fuseki_conf.ttl文件移动到“run”文件夹下。
    • fuseki_conf.ttl：Fuseki配置文件，主要配置上述两个文件的路径和TDB知识库路径
  • 上述操作配置好后，再次运行fuseki-server.bat，开启Apache Jena Fuseki 服务
• 安装python环境需要的包

pip install requirements.txt

• 这里需要修改项目代码中setting.py文件中的字典导入路劲，因为我们的文件路径可能不一样。
• 运行KB_query文件夹中的query_main.py，开启命令行模式。

python query_main.py

• 在项目根目录下运行manage.py,开启项目的web模式

python manage.py runserver

可能遇到的问题

• 第二次开动Apache Jena Fuseki 服务时，如果启动失败，需要到TDB文件把prefix前缀的文件全部删除掉。
• 代码运行错误，应该大部分集中在路径错误上，请仔细阅读报错信息。

项目不足

• 只支持一问一答式的对话。
• 只支持查询知识库有的数据，知识库不包含的数据则查询不到。
• 页面UI设计交简陋

后期更新

• 加入药品、疾病的同义词，增加系统的鲁棒性
• 增加疾病推断功能
• 增加多轮式对话功能
• 重新设计页面UI

参考

基于 REfO 的 KBQA 实现及示例

kgqa-based-on-medicine's Issues

查询结果总是返回None值？

进行python query_main的时候，我试着打印，发现返回的结果总是None值，所以得到下面这个结果：
I can't understand. :(
####################################################################################################

请问要怎么解决？

输入问题后HTTP Error 503: Service Unavailable，请问如何解决？

本地的chrome显示有问题

项目运行成功，我用ie看正常，chrome问答部分显示问题。不过已经挺好了。

另外，请问：

1. 医疗数据来自哪里？
2. 增加疾病推断功能，有什么思路呢？

数据好像下载不下来，可不可以重新提一次链接啊？

web 模式显示404和Not Found: /怎么解决

记录一下坑，给其他人借鉴

• readme中
  • kgdrug.ttl rules.ttl应该放在run/datasets下
  • fuseki_conf.ttl放在run/configuration下，这样运行.bat时才会读取fuseki_conf文件
  • 打开fuseki服务后，浏览器打开localhost:3030看是否成功
• fuseki_conf文件需要修改：
  • 本体kgdrug.ttl路径
  • rules.ttl路径
  • tdb_drug_new路径（最后一行）
• windows路径中把\改成/，我用的windows

返回I don't understand

这个代码分为两部分，一部分是使用fuseki，另一部分是python的网页，但是python的网页好像并没有提交查询到fuseki的3030端口，我在网页提交问题，在fuseki的命令行没看到post,感觉并没有提交给3030端口

sorry, please delete

请问这个tdb的知识库是怎么来的

请问这个tdb的知识库是怎么来的？可不可以提供一些参考？或者可否介绍一下这个是如何训练的？

请问“如何运行”里面的 confi文件夹在哪里吗？ 项目代码里面没有

百度网盘上的那个TDB药品疾病知识库是不是有点不太对？

找不到包

SPARQLWrapper，在哪啊

运行query_main.py的时候报错ModuleNotFoundError: No module named 'KGQA_Based_On_medicine'

请问KG构建的数据源的链接可以放上来吗？

使用一些百科的数据构建的医药KG吗？能分享一下数据链接吗？谢谢！

为什么在windows运行有问题？

[16/Jul/2019 21:02:15] "GET / HTTP/1.1" 200 3224
Not Found: /kgqa-demo
[16/Jul/2019 21:03:12] "POST /kgqa-demo HTTP/1.1" 404 2107
Using the URLconf defined in KGQA_Based_On_medicine.urls, Django tried these URL patterns, in this order:

^$
^static/(?P.*)$
The current path, kgqa-demo, didn't match any of these.
这个是什么原因呢，求回答

tdb数据是不能用在linux系统么？

windows可以打开，但是在linux加载不了了，就是在fuseki_conf.ttl里面路径设置了之后打开3030网页看不到任何dataset

运行出现错误

EndPointNotFound: it was impossible to connect with the endpoint in that address, check if it is correct.

> 为什么我运行成功了，但是3030端口并没有加载到数据集？难道因为我是ubuntu系统么，不同系统的tdb有区别么？@YeYzheng

为什么我运行成功了，但是3030端口并没有加载到数据集？难道因为我是ubuntu系统么，不同系统的tdb有区别么？@YeYzheng

我是windows也没有加载到他的数据，代码还是ok的

Originally posted by @WangZhou456 in #13 (comment)

tdb数据上传有问题

windows数据无法上传成功
我尝试在localhost：3030界面里操作总提示
总是提示Result: failed with message "SyntaxError: JSON.parse Error: Invalid character at position:1"
是发布者给了我们错误数据吗
有没有传成功了的，对fuseki不熟

服务器能启动，页面也能出来，就是加载不到tdb数据怎么办？

Web模式显示404，Not Found: / 怎么解决

http://120.78.207.99:8000/kgqa-demo 运行出错

怎么预防肌肉疼痛？

Request Method:	POST
http://120.78.207.99:8000/kgqa-demo
2.0.3
URLError
<urlopen error [Errno 99] Cannot assign requested address>
/usr/lib/python3.5/urllib/request.py in do_open, line 1256
/usr/bin/python3
3.5.2
['/var/www/project_2018', '/var/www/project_2018', '/usr/lib/python35.zip', '/usr/lib/python3.5', '/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu', '/usr/lib/python3.5/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.5/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages', '/var/www/project_2018/kgqa/KB_query', '/var/www/project_2018/kgqa', '/var/www/project_2018/kgqa/KB_query', '/var/www/project_2018/project_2018', '/var/www/project_2018/kgqa/KB_query']
Thu, 30 Aug 2018 05:10:54 +0000

http503

一切正常，路径按照实际改过，可输入文字提交后转到错误界面，提示HTTP Error 503: Service Unavailable，各库版本与您一致，query_main运行后输入问题也报同样的错误，重启也试过，不知怎么回事

没有结果响应

您好，命令行，页面我都可以运行，但是输入没有正确响应

页面：按照提示输入
蜘蛛咬伤的概述是什么？，

def search_post(request):
ctx = {}
if request.POST:
question = request.POST['q']
ctx['rlt'] = query_main.query_function(question) #执行到这里报错了
print(ctx['rlt'])
return render(request, "post.html", ctx)

print 结果：
SELECT DISTINCT ?x WHERE {
?s :jibingname '蜘蛛咬伤'.?s :gaishu ?x
}

出现503错误，

其他就是无法理解之类，

命令行都是I dont .....之类

求个基于金融的