ORF同定、tRNA同定、16SrRNA同定、rRNA同定の結果から中間結果を生成するスクリプト。 実行にBioPerlが必要であるため、base imageとしてyookuda/bioperlを使用する。
docker run \
-v data_dir_path:/data \
--rm \
$yookuda/merge \
perl /scripts/merge.pl \
-f /data/<ゲノムDNA塩基配列のfasta file> \
-m /data/<MetaGeneAnnotatorの出力ファイル> \
-t /data/<tRNAscan-SEの出力ファイル> \
-r /data/<RNAmmerの出力ファイル> \
-b /data/<16srrna DBでのBLAST検索結果ファイル> \
-p /data/<output file prefix>
- BLAST検索結果ファイルは-outfmt "0" オプションで出力したものを使用する。
- 出力されるファイルは以下の通り。
- <output file prefix>-na.fasta: 検出されたORFごとの塩基配列のmultiple fasta file
- <output file prefix>-aa.fasta: 検出されたORFごとのアミノ酸配列のmultiple fasta file
- <output file prefix>.annt
- <output file prefix>.csv
- <output file prefix>.embl
- <output file prefix>.gbk
- <output file prefix>.gff