中間結果とBLAST検索(COG)・BLAST検索(RefSeq)・BLAST検索(TrEMBL)の結果から最 終結果を生成するスクリプト。実行にBioPerlが必要であるため、base imageとしてyookuda/bioperlを使用する。
docker run \
-v data_dir_path:/data \
-v COG_DB_dir_path:/cog \
-v RefSeq_DB_dir_path:/refseq \
--rm \
yookuda/merge_a \
perl /scripts/merge-a.pl \
--cog /data/<COG DBでのBLAST検索結果ファイル> \
--trembl /data/<TrEMBL DBでのBLAST検索結果ファイル> \
--ref /data/<RefSeq DBでのBLAST検索結果ファイル> \
--whog /cog/whog \
--myva /cog/myva \
--gpff /refseq/microbial.*.protien.gpff.gz \
--prefix /data/<output file prefix>
- BLAST検索結果ファイルは-outfmt "0" オプションで出力したものを使用する。
- merge.plが出力した中間結果ファイルは以下のようにリネームしてdata_dir_pathに置く。
- gbkファイル: <output file prefix>.gbk
- emblファイル: <output file prefix>.embl
- anntファイル: <output file prefix>.annt
- csvファイル: <output file prefix>.csv
- 出力されるファイルは以下の通り。
- <output file prefix>-a.gbk: GenBank flat file
- <output file prefix>-a.embl: Embl flat file
- <output file prefix>-a.annt
- <output file prefix>-a.csv
- <output file prefix>-a.ddbj: DDBJ flat file