zvk17/genomska_projekat

Simulator Ilumina sekvencera

Projekat iz predmeta Genomska informatika

simulator.py - opcije

-f, --input-file                            .fna fajl sa genomom
-n, --nucleotide-quality                    Prosečan kvalitet nukleotida
-s, --nucleotide-stddev                     Standardno odstupanje kvaliteta nukleotida
-c, --coverage                              Prosečna pokrivenost nukleotida
-m, --snv-error-rate                        Verovatnoća mutucije (*Single nucleotide variant*) pojedinačnog nukleotida
-i, --insertion-error-rate                  Verovatnoća insercije nukleotida
-d, --deletion-error-rate                   Verovatnoća delecije nukleotida
-o, --output-sam-file                       Generisani .sam fajl
--output-fq-file1                           Generisani .fq fajl
--output-fq-file2                           Generisani .fq fajl

Potrebne Python biblioteke

• numpy==1.26.4
• scipy==1.13.0
• matplotlib==3.9.0
• pysam==0.22.1
• seaborn==0.13.2

Korišćeni alati za poravnavanje

• Bowtie 2 - github.com
• Burrows Wheeler Aligner - github.com

Korišćeni podaci

• Coffea Arabica - Hromozom 1 - ftp.ncbi.nlm.nih.gov
• Daucus Carota - Hromozom 4 - ftp.ncbi.nlm.nih.gov
• Mus Pahari - Hromozom X - ftp.ncbi.nlm.nih.gov