zzl2516/pathseq_kegg_metabolome_joint_pipe

Pathseq_KEGG_Metabolome_Joint_Pipe

宏基因组+医学宏病毒组+代谢组联合分析

流程基于R4.0.2及以上版本制作

输入文件中细菌和病毒的丰度文件bacteria.tpm.xls和virus.tpm.xls来自宏病毒组测序的Pathseq注释结果

功能基因的文件kegg.*.xls来自宏基因组的KEGG注释结果

代谢组的文件metabolite_abundance.txt来自于非靶向代谢组的代谢物识别丰度文件

细菌和病毒的丰度文件也可以使用宏基因组karken2的注释结果，但是没有进行测试，可能需要对输入文件的格式进行修改，如有客户需求可以联系我进行代码升级

细菌的丰度文件也可以使用16S扩增子测序的OTU丰度表，但输入文件的格式需要进行修改，如有客户需求可以联系我进行代码升级

代码运行顺序： 1.Pipeline_bacteria.R 2.Pipeline_virus.R 3.Pipeline_kegg.R 4.Pipeline_metabolites.R 5.Association_analysis_metagenome_and_virome.R 6.Association_analysis_metagenome_virome_metabolites.R

注：本流程可以进行细菌、病毒、功能基因和代谢物4者的关联分析，也可以只进行宏基因组与宏病毒组的关联分析 注：如果客户没有测定代谢组，只进行宏基因组与宏病毒组关联分析，不运行4和6的代码即可。