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Easy Metagenome Pipeline 2019 (1.0)

易宏基因组(EasyMetagenome)——最简单易学易用的宏基因组分析流程

版本：EasyMetagenome v1.11

更新时间：2021/5/7

文件介绍

• 1SoftDb.sh：软件和数据库安装
• 2Pipeline.sh：分析流程
• 3StatPlot.sh：统计和可视化代码

Shell代码兼容Markdown格式，可使用有道云笔记中Markdown笔记中查看，有目录导航更方便浏览和阅读。

各文档附录部分为常见问题，供参考。

使用方法

在64位版本系统，如Ubuntu 18.04/20.04，CentOS7/8的系统，按代码1，2，3逐步运行

在命令行，或RStudio的Shell环境下使用，可以有道云笔记中显示代码目录，方便预览大纲

引用

使用此流程代码，请引用：

Yong-Xin Liu, Yuan Qin, Tong Chen, Meiping Lu, Xubo Qian, Xiaoxuan Guo & Yang Bai. (2021). A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data. Protein & Cell 12, 315-330, doi: https://doi.org/10.1007/s13238-020-00724-8