yongxinliu/easymetagenome

Easy Metagenome Pipeline

easymetagenome's Issues

Issue regarding output of lefse-plot_features.py from LEfse

Hi,
I'm new here and found your project interesting and helpful!

But I'm kinda confused about the lefse output for the single feature produced by lefse-plot_features.py. Cuz there is no subclass(SampleID) annotation under the Fig. yield, like your own example result showed:

only group classification above the bars.

Is it because the input file doesn't include the subclass(SampleID) information? If so, then how should I insert that info into input file? by format2lefse? I failed to modify format2lefse Rscript to make it. Can you help me with this?

humann3多线程求助

您好，在运行单样本使用humann3时可以正常运行，使用rush多任务时报错，请问如何解决

如果服务器性能好，请设置--threads值为8/16/32

tail -n+2 result/metadata.txt | cut -f1 | rush -j 2
"humann --input temp/concat/{1}.fq
--output temp/humann3/ --threads 3 --metaphlan-options '--bowtie2db /db/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline'"
报错如下：
(humann3) xumingyuan@cn5:meta$tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f1|rush -j 2 \

"humann --input temp/concat/${i}.fq --output temp/humann3/ --threads 32 -- metaphlan-options '--bowtie2db /home/xumingyuan/data_HD/database/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline'"
/bin/bash: line 1: humann: command not found
/bin/bash: line 1: humann: command not found
[ERRO]
我修改补全了humann3的地址，tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f1|rush -j 2
"/home/xumingyuan/data_HD/micromamba/envs/humann3/bin/humann --input temp/concat/${i}.fq --output temp/humann3/ --threads 32 -- metaphlan-options '--bowtie2db /home/xumingyuan/data_HD/database/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline'"
humann: error: unrecognized arguments: -- metaphlan-options --bowtie2db /home/xumingyuan/data_HD/database/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline
[ERRO] 。
非常感谢。

data cannot be download

Cannot access http://210.75.224.110/ , so data cannot be download(such as http://210.75.224.110/share/Resfams-proteins.dmnd)

NCBI核酸数据库解压问题

您好！本人生信小白一枚，最近在按照0install.sh安装软件配置环境，在运行NCBI核酸和物种信息(可选)部分时遇见了解压数据库的问题。由于最近国家微生物科学数据中心网页维护，我从网盘中下载了NCBI/nt中的所有*.tar.gz安装包，并成功上传到我的服务器。运行cd ${db}/NCBI/nt; for i in *.tar.gz; do tar xzf $i; done对安装包逐个解压时，压缩包01 08 09 25 26 35 48 59 61 65 70出现了报错。有以下两个报错：

tar: 跳转到下一个头
gzip: stdin: invalid compressed data--crc error
gzip: stdin: invalid compressed data--length error
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

gzip: stdin: invalid compressed data--format violated
tar: 归档文件中异常的EOF
tar: Error is not recoverable: exiting now

按照脚本中提示和网络检索的帮助，我认为文件可能有损坏，于是重新在云盘上下载。重新上传后问题1解决，但问题2无法解决，想要寻求帮助。

另外，看到教程中NCBI核酸和物种信息为可选，我是否可以直接跳过这一部分？

感谢感谢

megahit使用问题

老师您好！
您的代码中吗，使用megahit组装的时候，都是基于所有样本进行拼接的，但是若实操的时候，面临大样本数据，计算机内存不足以进行混合组装，只能使用单样本组装后，如何进行后续去冗余，基因定量，功能注释等步骤呢。是单样本组装后，将所有样本分别组装后的contigs，cat汇总成一个大contig文件,在进行后续去冗余等步骤吗？希望老师能解答我的问题，十分感谢！

Script目录在哪

刘老师，流程中提到了Script目录，但是在项目文件里面我没找到，我应该如何获取？这个Script目录是保密的？我应该如何获取？谢谢！

db文件的位置

作者您好！我想请问一下*EasyMicrobiome/dbcan2/CAZyDB.08062022数据库在哪里呢？我没有找到。
如果使用以下方法下载的数据库是否是一致的呢？

访问CAZy官网：[https://www.cazy.org/；](https://www.cazy.org/%EF%BC%9B)
点击页面上方的“Download”按钮，进入下载页面；
在下载页面中，找到CAZy Database一栏，点击右侧的Download链接；
进入CAZy Database下载页面后，选择与您的系统版本相对应的文件进行下载，例如Linux系统可以下载cazy_2022-08-06.tar.gz文件；
解压文件：tar zxvf cazy_2022-08-06.tar.gz；
将解压后的文件放到您需要使用的位置。

snakemake

老师好，我们能提供在集群上运行的snakemanke版本吗？

How to select reads to a fixed level

Hi Ph.D. Liu,

I am puzzled with the part that how to select a fixed number of reads across all samples in the metagenomic analysis. Is there any software or script that is fittable to humann2 pipeline?

Thank you!

Bracken估计丰度，不同样本的结果文件行数不同

按照 1.Pipeline 里的代码用Bracken重新估算 C1和C2的丰度，但是汇总结果文件时发现，结果文件的行数并不相同。但是Kraken2的结果行数是相同的 ，按照1.Pipeline里的代码可以直接进行合并。下面是bracken的参数-r 100 -l S。
bracken -d ${kraken2_db} -i $work_dir/02_Kraken2/${Sample}.report
-r ${len} -l ${tax} -o $work_dir/02_Kraken2/${Sample}.bracken
-w $work_dir/02_Kraken2/${Sample}.bracken.report
请问造成这种结果的原因是什么？这样的结果是否有问题？