This GitHub reposotiry for the Human Commons Cell Atlas contains uniformly preprocessed and filtered count matrices and cell type assignments that span 27 Human organs as well as marker gene lists for 31 Human organs. The count matrices are in the data
folder and the marker gene lists in the markers
folder.
The repository has the following structure (note: the repository is large):
├── data
│ ├── adipose
│ │ ├── GSM3711757
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ ├── preprocess.ipynb
│ │ │ ├── filter
│ │ │ │ ├── barcodes.txt.gz
│ │ │ │ ├── genes.txt.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── metrics
│ │ │ │ ├── inspect.json
│ │ │ │ ├── kb_info.json
│ │ │ │ ├── kneeplot.png
│ │ │ │ ├── mx_metrics.json
│ │ │ │ └── run_info.json
│ │ │ └── mx_out
│ │ │ └── assignments_rank_mx.tsv
│ │ ├── GSM3711758
│ │ ├── GSM3711759
| | ...
│ ├── bladder
│ ├── blood
│ ├── bone_marrow
│ ├── brain
| ...
├── markers
│ ├── adipose
│ │ ├── markers.ipynb
│ │ └── markers.txt
│ ├── bladder
│ ├── blood
│ ├── bone_marrow
│ ├── brain
| ...
├── docs
│ ├── index.html
│ └── metrics.json
└── human_datasets.csv
Summary statistics for the Human Commons Cell Atlas can be found here: https://cellatlas.github.io/human