能否提供一下测试数据集

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能否提供一下测试数据集

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作者您好，可不可以把测试集跟训练集做一样的预处理呢？请问方便提供一下训练集数据预处理的代码吗

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月29日(星期一) 晚上8:16 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 因为在test的时候，输入的是图像patch。而在test的时候，输入的是完整图像，实际上占显存的部分在encoder部分。你可以用比较小的图像进行test，或者一个一个patch重建后再拼接。 — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

预处理后的HCP-1200数据链接在这里：https://drive.google.com/file/d/1xAAAPM3QBM6xxswdrVHb8auyECNrVdvz/view?usp=sharing

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这里只有训练集和验证集，没有测试集

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月20日(星期六) 下午3:35 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 预处理后的HCP-1200数据链接在这里：https://drive.google.com/file/d/1xAAAPM3QBM6xxswdrVHb8auyECNrVdvz/view?usp=sharing — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

由于测试集中是完整的图像，而非训练集和验证集中的patch。因此，测试集体积较大（222个图像，GT图像共计5GB）。这里我刚上传了GT图像（LR图像你可以按照原文生成）：https://drive.google.com/file/d/1lSfv6SuMVO3FiNfEMh6uvmRDxjplze-q/view?usp=sharing

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非常感谢您的帮助，祝您一切顺利！

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月20日(星期六) 下午4:23 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 由于测试集中是完整的图像，而非训练集和验证集中的patch。因此，测试集体积较大（222个图像，GT图像共计5GB）。这里我刚上传了GT图像：https://drive.google.com/file/d/1lSfv6SuMVO3FiNfEMh6uvmRDxjplze-q/view?usp=sharing，LR图像你可以按照原文生成：） — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

不客气:)

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作者你好，关于ArSSR这篇论文我还有几个问题想向您请教，非常抱歉频繁打扰您。 （1）您提供的预处理过的train和val，是不是只经过裁剪，没有经过下采样操作，因为数据集的标题是hr_train和hr_val，如果是这样的话，请问方便提供下采样操作的代码 （2）train.py中的 # about training and validation data     parser.add_argument('-hr_data_train', type=str, default='/data2/qinfl/data/hr_train', dest='hr_data_train',                         help='the file path of HR patches for training')     parser.add_argument('-hr_data_val', type=str, default='/data2/qinfl/data/hr_val', dest='hr_data_val',                         help='the file path of HR patches for validation') 为什么训练的输入是高分辨率图像 （3）论文中提到，对所有的原始图像进行裁剪，但是又说测试集中把原始MR作为GT，经过特定下采样得到LR图像，所以对于测试集是需要先裁剪后再进行下采样，还是直接对它进行下采样就可以了 感谢您在百忙中阅读我的邮件，期待您的回复！

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月20日(星期六) 下午4:29 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 不客气:) — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

• 问题1、2：我只提供hr_train和hr_val的原因是：lr图像是在训练的时候随机一个scale下采样生成的 （这部分代码在https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行），因此对于train_loader和val_loader，我们只需要提供高清patch即可。
• 问题3：测试集中的GT的size都是裁剪填充后的264×264×264。为了方便后续定量化计算：对于可整除的scale，直接下采样即可；对于不可整除的scale，需要对264×264×264的GT图像进行进一步的裁剪再下采样。比如对于scale=2，我们不需要进行裁剪；而对于scale=2.5这种，需要先裁剪到260×260×260，再进行下采样。

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非常感谢作者您的耐心解答，祝您一切顺利！

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月22日(星期一) 晚上8:25 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 问题1、2：我只提供hr_train和hr_val的原因是：lr图像是在训练的时候随机一个scale下采样生成的 （这部分代码在https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行），因此对于train_loader和val_loader，我们只需要提供高清patch即可。 问题3：测试集中的GT的size都是裁剪填充后的264×264×264。为了方便后续定量化计算：对于可整除的scale，直接下采样即可；对于不可整除的scale，需要对264×264×264的GT图像进行进一步的裁剪再下采样。比如对于scale=2，我们不需要进行裁剪；而对于scale=2.5这种，需要先裁剪到260×260×260，再进行下采样。 — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

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作者您好，对医学图像进行下采样，是直接对3D的图像进行下采样还是对切片进行下采样？   请问您方便提供给我以下的代码吗？  1）对测试集进行下采样操作的代码呢？  2）对训练集和验证集进行裁剪代码呢？

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月22日(星期一) 晚上8:25 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 问题1、2：我只提供hr_train和hr_val的原因是：lr图像是在训练的时候随机一个scale下采样生成的 （这部分代码在https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行），因此对于train_loader和val_loader，我们只需要提供高清patch即可。 问题3：测试集中的GT的size都是裁剪填充后的264×264×264。为了方便后续定量化计算：对于可整除的scale，直接下采样即可；对于不可整除的scale，需要对264×264×264的GT图像进行进一步的裁剪再下采样。比如对于scale=2，我们不需要进行裁剪；而对于scale=2.5这种，需要先裁剪到260×260×260，再进行下采样。 — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

是直接对3D图像进行下采样，用的是这个第三方库，其中order=3，其余参数默认 scipy.ndimage.interpolation.zoom。关于裁剪，直接进行数组裁剪即可，这部分可以参考https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行

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作者你好，请问你有下载完整的HCP-1200数据集吗，方便发我一份吗，我在官网上注册不成功

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月23日(星期二) 下午2:17 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 是直接对3D图像进行下采样，用的是这个第三方库，其中order=3，其余参数默认： https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.15.1/reference/generated/scipy.ndimage.interpolation.zoom.html — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

我只下载了T1w的图像，别的模态并没下载。

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请问可以分享吗

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月28日(星期天) 晚上8:31 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 我只下载了T1w的图像，别的模态并没下载。 — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

t1的所有图像共计1112张，共计20G，恐怕不太方便传输。太大了。我之前是用这个脚本进行下载的：https://github.com/huawei-lin/HCP_Dataset_Download_Automatically_Script

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哦吼，连不上，你可以上传到网盘之类的吗哈哈哈

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月28日(星期天) 晚上8:37 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) t1的所有图像共计1112张，共计20G，恐怕不太方便传输。太大了。我之前是用这个脚本进行下载的（https://github.com/huawei-lin/HCP_Dataset_Download_Automatically_Script） — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

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作者您好，为什么模型训练一块GPU都占不满，测试的时候batch_size设为1，两块GPU都跑不起来呢，为什么测试要占这么大资源

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月28日(星期天) 晚上8:37 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) t1的所有图像共计1112张，共计20G，恐怕不太方便传输。太大了。我之前是用这个脚本进行下载的（https://github.com/huawei-lin/HCP_Dataset_Download_Automatically_Script） — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

因为在test的时候，输入的是图像patch。而在test的时候，输入的是完整图像，实际上占显存的部分在encoder部分。你可以用比较小的图像进行test，或者一个一个patch重建后再拼接。

[1632325673]

作者你好，由于不可抗因素，你昨天给我推荐下载HCP-1200数据集的方法我也下载不了，您方便把你下载的未处理过的数据集上传云盘分享给我吗，非常感谢！

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>; 发送时间: 2021年11月29日(星期一) 晚上8:16 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1) 因为在test的时候，输入的是图像patch。而在test的时候，输入的是完整图像，实际上占显存的部分在encoder部分。你可以用比较小的图像进行test，或者一个一个patch重建后再拼接。 — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS or Android.

[iwuqing]

你把邮箱留一下，我回头找个时间上传网盘发你链接。因为分享原始数据集可能会涉及到license的问题。

[hongtao-gg]

可以发给我一份吗，t1的所有图像共计1112张，共计20G 邮箱： [email protected] 我用您的脚本下载下来有300多个G，感觉不太对

[iwuqing]

可以发给我一份吗，t1的所有图像共计1112张，共计20G 邮箱： [email protected] 我用您的脚本下载下来有300多个G，感觉不太对

已发你邮箱

[hongtao-gg]

作者您好，我用您发的脚本下载的HCP_1200 t1w的图像数据，尺寸大小为（260，311，260），并不是您论文里尺寸为（320320256）您可以再提供一下HCP-1200 T1W的原始数据的网盘链接吗（之前的过期了）。第二个问题是，您是如何讲图片裁剪到264264264的？万分感谢您可以抽空回答我。邮箱：[email protected]

[yaoxiongya]

作者您好，可以发给我一份您预处理后的数据吗，t1的所有图像共计1112张，共计20G 邮箱：[email protected]

[iwuqing]

作者您好，可以发给我一份您预处理后的数据吗，t1的所有图像共计1112张，共计20G 邮箱：[email protected]

你好，你可以从以下百度网盘链接下载~
链接：https://pan.baidu.com/s/1ivy8TXUIO2nW35XK2ThafA
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