你好，如何使用ANTs得到下面的这样的分割图？

[iwuqing]

你好，如何使用ANTs得到下面的这样的分割图？

[iwuqing]

我们采用了ANTsPyNet (https://github.com/ANTsX/ANTsPyNet) 这个第三方库进行自动分割。具体我们调用了其antspynet.utilities.deep_atropos。关于这个function的说明可以在这里找：https://antsx.github.io/ANTsPyNet/docs/build/html/utilities.html#applications

[FreshmanMa]

吴博士，你好，我尝试去用了antspynet，但是没弄出来，能否提供详细的脚本 和 以及这两个Dice and IoU指标该怎么整？刚读研不太懂，一直学习这篇文章。感谢谢！264x264x264目前我没跑动。我用的下面的代码，我不知道对不对。我用的下采样后的132x132x132的MRI.nii.gz，然后再3Dslicer上查看是这样，颜色跟你论文中的也不一样。
import ants import antspynet file_path = './671855.nii.gz'
image = ants.image_read(file_path)
segmentation_result = antspynet.utilities.deep_atropos(image, do_preprocessing=True)['segmentation_image']
ants.image_write(segmentation_result, "./segmentation_671855.nii.gz")

[iwuqing]

我们论文里面的图像是采用itk-snap进行显示的。从你的结果来看，应该是对的。另外关于IOU和dice指标的计算网上有比较多的实现，以下是一个参考代码

import numpy as np

def iou(mask1, mask2):
    intersection = np.logical_and(mask1, mask2).sum()
    union = np.logical_or(mask1, mask2).sum()

    iou_score = intersection / union
    return iou_score

def dice_coefficient(mask1, mask2):
    intersection = np.logical_and(mask1, mask2).sum()
    total = mask1.sum() + mask2.sum()

    dice = (2.0 * intersection) / total
    return dice

[FreshmanMa]

ok，谢谢，我试一下，感谢！Ma在 2023年6月7日，下午11:59，Qing Wu ***@***.***> 写道： 我们论文里面的图像是采用itk-snap进行显示的。从你的结果来看，应该是对的。另外关于IOU和dice指标的计算网上有比较多的实现，以下是一个参考代码 import numpy as np def iou(mask1, mask2): intersection = np.logical_and(mask1, mask2).sum() union = np.logical_or(mask1, mask2).sum() iou_score = intersection / union return iou_score def dice_coefficient(mask1, mask2): intersection = np.logical_and(mask1, mask2).sum() total = mask1.sum() + mask2.sum() dice = (2.0 * intersection) / total return dice —Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe.You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>