自动分割的问题

[iwuqing]

自动分割的问题

[iwuqing]

我们使用的是他自带的模板。你这个结果确实感觉差距有点大。我想是不是这个参数do_preprocessing=True要设置为false？因为这个代码太久了，我也记不太清了。

[FreshmanMa]

好的，我在多尝试下。 我这个是用cpu跑出来的结果，你们当时用gpu了吗？感谢！Ma在 2023年6月14日，上午7:52，Qing Wu ***@***.***> 写道： 我们使用的是他自带的模板。你这个结果确实感觉差距有点大。我想是不是这个参数do_preprocessing=True要设置为false？因为这个代码太久了，我也记不太清了。 —Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe.You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

[iwuqing]

应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快，应该是因为3D的问题。

[FreshmanMa]

应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快，应该是因为3D的问题。

大哥，我没弄出来，难受！能帮忙找下你们之前用的代码吗？

[iwuqing]

我找找啊，因为时间实在太久了，而且这个代码也不是主要的代码。所以真不一定能找到了。

[iwuqing]

应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快，应该是因为3D的问题。

大哥，我没弄出来，难受！能帮忙找下你们之前用的代码吗？

顺便你可以说下你现在是有啥问题吗？

[FreshmanMa]

应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快，应该是因为3D的问题。

大哥，我没弄出来，难受！能帮忙找下你们之前用的代码吗？

顺便你可以说下你现在是有啥问题吗？

找不找到都太感谢了，太感谢了，目前最好的分割效果还是我上面那个图，我尝试了do_preprocessing=True改成False更不对，我在github问了ANTsPyNet的大佬，让我尝试用没去颅骨的数据试下，后来我tensorlfow环境出问题了就没测试成。我又尝试了其他的自动分割的方法，HighRes3DNet，我试了下在unprocessed 的HCP数据上还可以分割得感觉正常，但在processed的HCP数据上就分割不对，几乎就自动分割不出来。

[FreshmanMa]

应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快，应该是因为3D的问题。

大哥，我没弄出来，难受！能帮忙找下你们之前用的代码吗？

顺便你可以说下你现在是有啥问题吗？

师兄，能找到嘛？之前环境就突然不行了，现在咋装都不对，给我人装麻了

[iwuqing]

不好意思，我这几天在忙一个会议的返稿。所以最近没啥时间，如果你很急的话可以参考下这篇文章是怎样做分割的。他们也做了一样的分割评估：https://arxiv.org/pdf/2205.11346.pdf

[FreshmanMa]

不好意思，我这几天在忙一个会议的返稿。所以最近没啥时间，如果你很急的话可以参考下这篇文章是怎样做分割的。他们也做了一样的分割评估：https://arxiv.org/pdf/2205.11346.pdf

好，师兄，你最近先忙，有时间找就行，我也不着急，就是弄不出来难受。我在找找其他的分割的方法看看能不能用，感谢！

[FreshmanMa]

不好意思，我这几天在忙一个会议的返稿。所以最近没啥时间，如果你很急的话可以参考下这篇文章是怎样做分割的。他们也做了一样的分割评估：https://arxiv.org/pdf/2205.11346.pdf

你好，实在不好意思，又打扰你了，我最近重新装了Antspynet的GPU版本，也可以用了，我用没有skull-stripped的HCP 1200 data做出来好像是对的

但是，我将 antspynet.utilities.deep_atropos(image, do_preprocessing=False, verbose=True) do_preprocessing=False改成了False，用GPU跑出来的结果，在形状上是对上了，但出现了新的问题，我很郁闷。下图所示：

[FreshmanMa]

你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！

[iwuqing]

你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！

恭喜你哦！祝你一切顺利

[FreshmanMa]

你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！

恭喜你哦！祝你一切顺利

太感谢你了，同样祝你一切顺利！

[hongtao-gg]

你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！

大佬 可以请教一下这个自动分割是怎么做到的吗

[FreshmanMa]

把那个Antspy的库里面这个 预处理的几个选项修改下就可以 在 2023-11-08 11:49:28，"hongtao-gg" ***@***.***> 写道： 你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！ 大佬 可以请教一下这个自动分割是怎么做到的吗 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>