institutotodospelasaude/respat

Pipeline for analyses of multiple pathogens, like SARS-CoV-2 with positivity rate analyses

Pipeline para múltiplos laboratórios

Pipeline para análise de múltiplos patógenos - COVID-19 taxa de positividade

Instalação

Para instalar este pipeline, instale primeiro conda e na sequência mamba:

• Instalação do Conda: clique aqui

• Instalação do Mamba, execute este comando, uma vez que Conda esteja instalado:

conda install mamba -n base -c conda-forge

Alternativamente:

conda install -n base conda-forge::mamba

P.S.: arquivo psutil pode corromper a instalação. Se isso ocorrer, delete a pasta com psutil e reinicie instalação do mamba.

Agora clone este repositório: Clone this repository respat

git clone https://github.com/InstitutoTodosPelaSaude/respat.git

Uma vez instalados conda e mamba, acesse o diretório config, e execute os seguintes comandos para criar o ambiente conda diag:

 mamba create -n diag
 mamba env update -n diag --file diag.yaml

Por fim, ative o ambiente diag:

conda activate diag

Execução

Para executar o pipeline até o último passo, execute o seguinte comando, com o ambiente mon ativado:

snakemake all --cores all

Linux

Este pipeline esta otimizado para ambiente MAC OS. Para executar no ambiente Linux necessário alterar as chamadas com sed, por exemplo no arquivo Snakefile:

# lin 222
sed -i 's/{params.unique_id}/test_result/' {output.age_matrix}

# line 398
sed -i 's/{params.test_col}/test_result/' {output}

Ref: macOS - sed command with -i option failing on Mac, but works on Linux - Stack Overflow

Atenção com atualizações de pacotes no env

Pacote tabulate não deve migrar para versão 0.9 - corrompe processamento do snakefile.

Correção pelo terminal, dentro da env, fazer downgrade para versão tabulate 0.8.1

mamba install -c conda-forge tabulate=0.8.9

respat's Issues

checking grep errors in SABIN reformat file