Hi there,
I'm having an issue with akt using the pca option.
It gives me the following error when it looks to open my input bcf file.
command string : $ /g/data/a32/Software/akt/akt pca /short/a32/exi569/GB_CHD_NDD/CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf -R /g/data/a32/Software/akt/data/wes.hg19.vcf.gz -O b -o /short/a32/exi569/GB_CHD_NDD/pca.bcf > /short/a32/exi569/GB_CHD_NDD/pca.txt
Console reply :
Input: /short/a32/exi569/GB_CHD_NDD/CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf
MAF lower bound: 0
Thin: 1
Number principle components: 20
Reading data...
Problem opening /short/a32/exi569/GB_CHD_NDD/CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf
Input: /short/a32/exi569/GB_CHD_NDD/CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf
I have no problem opening and viewing the "CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf" input file using bcftools view.
[exi569@raijin3 GB_CHD_NDD]$ bcftools view CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf | more ##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##source=VarScan2
##INFO=<ID=ADP,Number=1,Type=Integer,Description="Average per-sample depth of bases with Phred score >= 20">
##INFO=<ID=WT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples called reference (wild-type)">
##INFO=<ID=HET,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples called heterozygous-variant">
##INFO=<ID=HOM,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples called homozygous-variant">
##INFO=<ID=NC,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples not called">
##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=SDP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw Read Depth as reported by SAMtools">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Quality Read Depth of bases with Phred score >= 20">
##FORMAT=<ID=RD,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases (reads1)">
##FORMAT=<ID=AD,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of variant-supporting bases (reads2)">
##FORMAT=<ID=FREQ,Number=1,Type=String,Description="Variant allele frequency">
##FORMAT=<ID=PVAL,Number=1,Type=String,Description="P-value from Fisher's Exact Test">
##FORMAT=<ID=RBQ,Number=1,Type=Integer,Description="Average quality of reference-supporting bases (qual1)">
##FORMAT=<ID=ABQ,Number=1,Type=Integer,Description="Average quality of variant-supporting bases (qual2)">
##FORMAT=<ID=RDF,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases on forward strand (reads1plus)">
##FORMAT=<ID=RDR,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases on reverse strand (reads1minus)">
##FORMAT=<ID=ADF,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of variant-supporting bases on forward strand (reads2plus)">
##FORMAT=<ID=ADR,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of variant-supporting bases on reverse strand (reads2minus)">
##contig=<ID=chr1>
##contig=<ID=chr2>
##contig=<ID=chr3>
##contig=<ID=chr4>
##contig=<ID=chr5>
##contig=<ID=chr6>
##contig=<ID=chr7>
##contig=<ID=chr8>
##contig=<ID=chr9>
##contig=<ID=chr10>
##contig=<ID=chr11>
##contig=<ID=chr12>
##contig=<ID=chr13>
##contig=<ID=chr14>
##contig=<ID=chr15>
##contig=<ID=chr16>
##contig=<ID=chr17>
##contig=<ID=chr18>
##contig=<ID=chr19>
##contig=<ID=chr20>
##contig=<ID=chr21>
##contig=<ID=chr22>
##contig=<ID=chrX>
##bcftools_mergeVersion=1.3.1+htslib-1.3.1
##bcftools_mergeCommand=merge -O z -o CHD_NDD_samples_SNPS.vcf.gz 02766-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00618-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00714-recalBAMS_SNPS.vcf.
gz 01152-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 01299-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00773-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00928-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 01023-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 0185
0-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00626-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00734-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 02503-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 00720-recalBAMS_SNPS.vcf.gz 01330-recal
BAMS_SNPS.vcf.gz 00748-recalBAMS_SNPS.vcf.gz
##bcftools_mergeCommand=merge -O z -o CHD_NDD_all_samples_SNPS.vcf.gz CHD_NDD_samples_SNPS.vcf.gz CHD_samples_SNPS.vcf.gz CONTROL_samples_SNPS.vcf.
gz
##bcftools_viewVersion=1.3+htslib-1.3
##bcftools_viewCommand=view -o CHD_NDD_all_samples_SNPS.vcf CHD_NDD_all_samples_SNPS.vcf.gz
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##bcftools_viewCommand=view -o CHD_NDD_all_samples_SNPS_chr_sort_PCA.vcf -S samples_for_CHD_PCA.csv CHD_NDD_all_samples_SNPS_chr_sort.vcf
##bcftools_viewCommand=view CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.bcf
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 02766 00618 00714 01152 01299 00773 00928 01023 01850 006
26 00734 02503 00720 01330 00748 00646 01506 01537 02261 01365 01388 01832 03062 01925 01162 00918 02237 018
33 00786 00768 01581 01584 01589 01697 01941 01953 01955 01957 01962 01963 01967 01970 01972 01974 01979
chr1 107683715 . C T . PASS ADP=542;WT=0;HET=1;HOM=0;NC=0;AC=2;AN=4 GT:GQ:SDP:DP:RD:AD:FREQ:PVAL:RBQ:ABQ:RDF:RD
R:ADF:ADR ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.
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:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:255:551:542:269:273:50.37%:3.6098E-103:36:39:52
:217:73:200 ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.
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:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:255:719:707:367:340:48.09%:8.9707E-127:36:40:92:275:76:264 ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.
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chr1 107690692 . G A . PASS ADP=285;WT=0;HET=1;HOM=0;NC=0;AC=1;AN=2 GT:GQ:SDP:DP:RD:AD:FREQ:PVAL:RBQ:ABQ:RDF:RD
R:ADF:ADR ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.
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:.:.:.:.:. 0/1:255:293:285:139:146:51.23%:9.9479E-56:40:34:128:11:135:11 ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.
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I have also attached the input file and hope you can help me in resolving this file opening error.
Thanks.
Eddie
CHD_NDD_all_samples_SNPS_PCA_ID.zip